More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3322 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
423 aa  882    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  32.85 
 
 
432 aa  199  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
445 aa  150  5e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
438 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
441 aa  114  3e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
395 aa  111  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
437 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
411 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
401 aa  104  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
406 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
411 aa  100  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  27.85 
 
 
397 aa  99  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
384 aa  98.2  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
406 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
390 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 
405 aa  97.8  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
419 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
382 aa  96.7  7e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
396 aa  95.1  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
415 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
445 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
406 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
415 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28 
 
 
386 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.94 
 
 
411 aa  91.3  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.34 
 
 
402 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 
402 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.17 
 
 
396 aa  90.5  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
402 aa  90.1  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
398 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
395 aa  88.6  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
408 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
389 aa  86.7  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
390 aa  85.9  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
417 aa  85.9  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  31.11 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  30.1 
 
 
405 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  28.52 
 
 
421 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  31.11 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
390 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
381 aa  84.3  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
432 aa  84.3  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
411 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
402 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
397 aa  83.6  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
404 aa  83.6  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  28 
 
 
391 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  24.36 
 
 
412 aa  82.8  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
402 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
387 aa  82.8  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 
394 aa  82.8  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
404 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24.29 
 
 
412 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.64 
 
 
395 aa  81.6  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  23.15 
 
 
451 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
411 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
377 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.6 
 
 
404 aa  80.9  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
415 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
410 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
396 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  23.89 
 
 
450 aa  80.1  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.87 
 
 
405 aa  80.5  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  22.57 
 
 
389 aa  80.1  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.45 
 
 
405 aa  80.1  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
386 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.03 
 
 
405 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
417 aa  79.7  0.00000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  23.28 
 
 
412 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
376 aa  79.7  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  28.45 
 
 
405 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  25.79 
 
 
415 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  24.44 
 
 
412 aa  79.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  27.62 
 
 
405 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.03 
 
 
405 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
390 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.03 
 
 
405 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
414 aa  78.6  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.09 
 
 
399 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
397 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.03 
 
 
405 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
393 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.1 
 
 
395 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.52 
 
 
378 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
413 aa  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
376 aa  77  0.0000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
379 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23 
 
 
417 aa  76.6  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.93 
 
 
393 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  27.14 
 
 
416 aa  75.9  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.68 
 
 
394 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
399 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
388 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
378 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
389 aa  76.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>