More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_4420 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
411 aa  861    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
415 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
441 aa  117  3e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  27.81 
 
 
422 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
408 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
389 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
445 aa  103  4e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
401 aa  97.1  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
402 aa  95.9  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
398 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
432 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
401 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  25.94 
 
 
423 aa  91.3  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
411 aa  90.5  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
402 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
406 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 
406 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 
406 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 
395 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
402 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.15 
 
 
402 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
384 aa  82.8  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
399 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  25.07 
 
 
395 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  23.57 
 
 
405 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
379 aa  81.6  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  23.69 
 
 
405 aa  82  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 
411 aa  80.5  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
437 aa  80.5  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  21.91 
 
 
438 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  24.55 
 
 
421 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 
373 aa  78.6  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 
410 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  23.64 
 
 
450 aa  76.6  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 
388 aa  75.9  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  24.44 
 
 
381 aa  75.9  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 
401 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 
389 aa  72.4  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
414 aa  72.8  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  20.55 
 
 
415 aa  71.6  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
415 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 
377 aa  72  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  22.47 
 
 
451 aa  71.6  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  22.76 
 
 
401 aa  70.9  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  23.16 
 
 
405 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  22.9 
 
 
405 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  23.16 
 
 
405 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  20.51 
 
 
389 aa  70.5  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  22.37 
 
 
411 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 
376 aa  70.5  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  23.16 
 
 
405 aa  70.1  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  24.74 
 
 
445 aa  70.1  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  22.9 
 
 
405 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  22.94 
 
 
405 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
388 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
388 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
391 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
395 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  22.9 
 
 
405 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  25.32 
 
 
392 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  22.65 
 
 
405 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  22.36 
 
 
411 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 
420 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  21.97 
 
 
394 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.63 
 
 
395 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
415 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  22.05 
 
 
413 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
395 aa  66.2  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  21.52 
 
 
395 aa  66.2  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.12 
 
 
401 aa  65.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 
400 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  21.68 
 
 
394 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.43 
 
 
392 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.47 
 
 
401 aa  64.7  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 
407 aa  64.7  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  23.06 
 
 
413 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 
399 aa  64.3  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
415 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
415 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23 
 
 
399 aa  64.3  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 
412 aa  63.9  0.000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  21.43 
 
 
450 aa  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  22.74 
 
 
403 aa  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  18.57 
 
 
397 aa  63.5  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  21.82 
 
 
390 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  20.73 
 
 
395 aa  62  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  22.15 
 
 
401 aa  62  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0498  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.23 
 
 
416 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1372  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  25.41 
 
 
390 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  23.05 
 
 
404 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  22.6 
 
 
390 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1830  Extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 
375 aa  60.5  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290342  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  21.24 
 
 
401 aa  60.5  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
390 aa  60.5  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 
390 aa  60.8  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  20.4 
 
 
395 aa  60.5  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 
381 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 
390 aa  60.5  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  22.55 
 
 
399 aa  59.7  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>