More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1352 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
432 aa  880    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  36.92 
 
 
445 aa  258  1e-67  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2628  extracellular ligand-binding receptor  65.61 
 
 
204 aa  241  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 
438 aa  219  7e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  32.85 
 
 
423 aa  199  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 
408 aa  143  7e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
437 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
401 aa  111  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  31.54 
 
 
395 aa  110  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  31.54 
 
 
395 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
402 aa  109  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 
401 aa  107  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
441 aa  105  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
398 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
411 aa  104  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 
415 aa  100  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
405 aa  99.8  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.46 
 
 
402 aa  99.8  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  26.13 
 
 
422 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
411 aa  96.7  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.92 
 
 
411 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
406 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
402 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
390 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
406 aa  93.2  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.44 
 
 
415 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  30.12 
 
 
397 aa  90.1  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.07 
 
 
395 aa  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
415 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
402 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
415 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
415 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
393 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
411 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
413 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.37 
 
 
393 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 
441 aa  83.2  0.000000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
421 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
396 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.69 
 
 
420 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
339 aa  82.4  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
406 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
376 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  25.67 
 
 
426 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  25.75 
 
 
418 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
418 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
418 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  25.44 
 
 
414 aa  79.7  0.00000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 
414 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.15 
 
 
414 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
384 aa  78.6  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  25.23 
 
 
391 aa  77.4  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
389 aa  77  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  25.84 
 
 
391 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.86 
 
 
451 aa  75.9  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
387 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.22 
 
 
419 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
397 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  25 
 
 
405 aa  75.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
396 aa  76.3  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  24.87 
 
 
468 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  23.13 
 
 
395 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
400 aa  75.9  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
417 aa  75.5  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  25.32 
 
 
413 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  25.61 
 
 
416 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.73 
 
 
421 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.11 
 
 
401 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  25.32 
 
 
413 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.86 
 
 
419 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  26.87 
 
 
412 aa  74.3  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 
419 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  24.7 
 
 
420 aa  73.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  26.2 
 
 
422 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  26.34 
 
 
413 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3417  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
409 aa  73.2  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.498074  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  24.7 
 
 
392 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
416 aa  73.2  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  25.6 
 
 
410 aa  73.2  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  25.07 
 
 
411 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  25.44 
 
 
418 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  26.42 
 
 
410 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
395 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
415 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  25.6 
 
 
405 aa  71.2  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  21.6 
 
 
389 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
400 aa  71.2  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
421 aa  71.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
384 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.62 
 
 
423 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.24 
 
 
416 aa  71.2  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  25.51 
 
 
431 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
379 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  24.4 
 
 
420 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  25.06 
 
 
422 aa  70.9  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  25 
 
 
421 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  23.55 
 
 
422 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>