More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3417 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3417  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
409 aa  823    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.498074  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1548  Extracellular ligand-binding receptor  59.57 
 
 
405 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348636  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  52.63 
 
 
405 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  51.72 
 
 
405 aa  393  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  32.99 
 
 
404 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
440 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
440 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  31.98 
 
 
401 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
441 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
440 aa  120  3.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  27.22 
 
 
421 aa  120  6e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1830  Extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 
375 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290342  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
418 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
442 aa  110  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 
373 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
433 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  27.95 
 
 
420 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  31.98 
 
 
397 aa  104  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.88 
 
 
395 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
339 aa  98.2  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 
379 aa  96.3  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  30.8 
 
 
373 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
439 aa  94.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
374 aa  93.6  6e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
439 aa  93.2  8e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
426 aa  92.8  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
394 aa  92.8  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.38 
 
 
415 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
376 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 
373 aa  90.5  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
394 aa  90.9  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.4 
 
 
378 aa  90.1  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.4 
 
 
399 aa  90.1  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6410  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
366 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3392  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
366 aa  89.7  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6643  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
366 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6241  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
366 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288478  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
419 aa  89.7  8e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
383 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  24.89 
 
 
397 aa  89.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
371 aa  87.8  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
394 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
411 aa  88.2  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
373 aa  87.4  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
394 aa  87.4  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
376 aa  87.4  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.03 
 
 
397 aa  87  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
384 aa  87  5e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 
402 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
409 aa  87  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
411 aa  87  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.99 
 
 
396 aa  86.7  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
376 aa  86.7  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
383 aa  86.3  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.61 
 
 
389 aa  85.5  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
397 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
397 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
397 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3970  Extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
425 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
395 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.34 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
380 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
382 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
400 aa  84  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.03 
 
 
385 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
390 aa  83.2  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 
408 aa  83.2  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
384 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.85 
 
 
404 aa  82.8  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 
373 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
394 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.71 
 
 
391 aa  82.4  0.00000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
379 aa  82  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.04 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
406 aa  82  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
379 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
383 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
402 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 
404 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
404 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
375 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.02 
 
 
393 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
394 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  24.52 
 
 
414 aa  80.9  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.38 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
382 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
397 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 
424 aa  80.5  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.48 
 
 
383 aa  80.1  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  23.29 
 
 
388 aa  80.1  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
386 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
449 aa  80.1  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  23.54 
 
 
384 aa  79.7  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
383 aa  79.7  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.39 
 
 
373 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2423  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
410 aa  79.3  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0867221 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3551  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
389 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
395 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>