More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1977 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  100 
 
 
420 aa  841    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  36.45 
 
 
418 aa  260  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  35.11 
 
 
404 aa  206  9e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  31.27 
 
 
421 aa  162  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
440 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
440 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
440 aa  127  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1149  Extracellular ligand-binding receptor  32.48 
 
 
442 aa  127  3e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
439 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
401 aa  127  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
405 aa  124  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3333  Extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  28.28 
 
 
415 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  29.97 
 
 
395 aa  121  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 
394 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
441 aa  119  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
405 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
394 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 
399 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  32.11 
 
 
394 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1548  Extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
405 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348636  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
439 aa  107  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3417  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
409 aa  107  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.498074  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
415 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
424 aa  105  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
397 aa  103  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  27.42 
 
 
414 aa  102  9e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
449 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
442 aa  102  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
373 aa  99.8  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
372 aa  97.4  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
372 aa  95.9  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.57 
 
 
371 aa  93.2  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.57 
 
 
371 aa  93.2  8e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.02 
 
 
395 aa  92.8  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1830  Extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 
375 aa  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290342  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
409 aa  92  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
394 aa  91.3  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
399 aa  90.9  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
426 aa  90.5  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0104  Extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 
422 aa  90.1  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.25 
 
 
399 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 
376 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
397 aa  88.2  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
397 aa  88.2  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
397 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.71 
 
 
397 aa  87  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  24.83 
 
 
376 aa  86.7  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
384 aa  86.7  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
384 aa  86.7  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  25.81 
 
 
373 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1387  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
424 aa  85.1  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
412 aa  84  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
400 aa  84  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.44 
 
 
373 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  25.13 
 
 
336 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  24.65 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
401 aa  83.6  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
404 aa  83.6  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  28.22 
 
 
371 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 
373 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
394 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 
373 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.63 
 
 
393 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
404 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
384 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
371 aa  81.6  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
367 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2207  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
426 aa  82  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
384 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
384 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
388 aa  81.3  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
397 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.88 
 
 
404 aa  80.9  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
439 aa  80.5  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6410  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6643  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1782  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.23 
 
 
371 aa  80.1  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3392  extracellular ligand-binding receptor  26.64 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6241  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
366 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288478  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
374 aa  80.1  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.02 
 
 
384 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  29.88 
 
 
375 aa  79.7  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
384 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
396 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1118  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
371 aa  79  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000205251  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
373 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
402 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
381 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 
399 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  29.54 
 
 
371 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
383 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
396 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
374 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>