More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1272 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
399 aa  787    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  63 
 
 
395 aa  491  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  66.08 
 
 
394 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  65.34 
 
 
394 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  65.59 
 
 
394 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  63.75 
 
 
399 aa  483  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  60.16 
 
 
394 aa  427  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 
404 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  38.86 
 
 
401 aa  202  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 
424 aa  137  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
449 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.09 
 
 
415 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
442 aa  125  9e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  31.08 
 
 
421 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
440 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
440 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  30.47 
 
 
420 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3333  Extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
422 aa  116  8.999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
415 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  26.27 
 
 
414 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.73 
 
 
371 aa  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.73 
 
 
371 aa  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
433 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
439 aa  107  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 
372 aa  106  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
412 aa  104  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 
373 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
439 aa  103  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.93 
 
 
372 aa  103  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  30.61 
 
 
371 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
372 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
397 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
439 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
376 aa  100  5e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
441 aa  99.8  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  32.64 
 
 
374 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.63 
 
 
371 aa  99  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
426 aa  99  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
368 aa  97.8  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
368 aa  97.1  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  27.67 
 
 
373 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
375 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.82 
 
 
446 aa  96.7  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  32.64 
 
 
366 aa  96.7  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  32.26 
 
 
368 aa  96.3  9e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
375 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
371 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
371 aa  95.1  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
440 aa  94.4  3e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  32.38 
 
 
368 aa  94.7  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1149  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
442 aa  94.4  3e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.22 
 
 
380 aa  93.6  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.22 
 
 
380 aa  94  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.22 
 
 
380 aa  93.6  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.22 
 
 
380 aa  93.6  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 
367 aa  93.6  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 
376 aa  93.6  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.22 
 
 
376 aa  93.2  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  29.22 
 
 
380 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.22 
 
 
380 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.22 
 
 
380 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
384 aa  92.8  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.62 
 
 
374 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
384 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
384 aa  92.8  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.12 
 
 
373 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 
376 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 
367 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
372 aa  92  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
370 aa  92  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  33.01 
 
 
364 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
417 aa  90.9  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3974  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
371 aa  90.9  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
358 aa  90.5  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
370 aa  90.9  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3668  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.08 
 
 
371 aa  90.9  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210463  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
371 aa  90.5  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
380 aa  90.1  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
377 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
400 aa  90.1  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
384 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
384 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
374 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.22 
 
 
384 aa  89.7  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
372 aa  89.7  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0244  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein  26.79 
 
 
371 aa  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3769  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.67 
 
 
365 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
372 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.24 
 
 
399 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3836  leucine-specific-binding protein  29.67 
 
 
365 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3879  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.67 
 
 
367 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
372 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
381 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.96 
 
 
371 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
372 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3759  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.67 
 
 
367 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
372 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
460 aa  88.6  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.84 
 
 
379 aa  88.6  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>