More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3932 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
394 aa  776    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  64.39 
 
 
395 aa  501  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  66.24 
 
 
394 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  65.74 
 
 
394 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  65.48 
 
 
394 aa  471  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  60.8 
 
 
399 aa  469  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  59.75 
 
 
399 aa  458  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  38.13 
 
 
404 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
401 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  33.08 
 
 
421 aa  147  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3333  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
422 aa  143  5e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
440 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
440 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
442 aa  134  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 
418 aa  130  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  31.21 
 
 
415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
424 aa  125  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 
449 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 
397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
441 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3970  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
425 aa  113  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.91 
 
 
371 aa  112  9e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.91 
 
 
371 aa  112  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  28.76 
 
 
414 aa  109  8.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  32.82 
 
 
372 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
372 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
440 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  30.03 
 
 
371 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
439 aa  104  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 
386 aa  103  8e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1149  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
442 aa  102  8e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 
366 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  34.78 
 
 
426 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
371 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0475  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
372 aa  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000158967  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3417  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
409 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.498074  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
375 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1387  Extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
424 aa  100  3e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
400 aa  99.8  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
376 aa  99  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
394 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
412 aa  98.2  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  33.03 
 
 
373 aa  98.2  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
370 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 
398 aa  97.4  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
387 aa  97.1  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
374 aa  97.1  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  27.99 
 
 
420 aa  96.7  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3668  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.58 
 
 
371 aa  96.7  7e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210463  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
393 aa  96.7  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
439 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3872  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
370 aa  95.9  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
370 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
371 aa  94.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
371 aa  94.7  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
374 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
375 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 
368 aa  94.4  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
358 aa  94.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
369 aa  94  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  33.18 
 
 
373 aa  94.4  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  33.18 
 
 
373 aa  94.4  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3836  leucine-specific-binding protein  29.73 
 
 
365 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  31.28 
 
 
391 aa  93.6  5e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0244  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein  27.27 
 
 
371 aa  93.6  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3879  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.73 
 
 
367 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4059  Extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 
370 aa  93.6  6e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
370 aa  93.6  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3759  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.73 
 
 
367 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.36 
 
 
373 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  28.34 
 
 
373 aa  93.2  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3938  leucine-specific-binding protein  29.96 
 
 
367 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
371 aa  93.2  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 
373 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
382 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3769  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  29.34 
 
 
365 aa  92.8  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 
376 aa  92.8  9e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
370 aa  92.4  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
373 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.06 
 
 
373 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
371 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3974  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
371 aa  92  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.46 
 
 
374 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  28.96 
 
 
367 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
375 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.61 
 
 
399 aa  91.7  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.79 
 
 
371 aa  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
415 aa  91.3  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  33.72 
 
 
368 aa  91.3  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
371 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.14 
 
 
379 aa  90.5  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2423  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
410 aa  90.1  6e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0867221 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  28.57 
 
 
367 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
372 aa  90.1  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.49 
 
 
446 aa  90.1  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
367 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
370 aa  90.1  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03262  hypothetical protein  28.79 
 
 
367 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4780  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  28.57 
 
 
367 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>