More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3207 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
446 aa  875    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0174  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.72 
 
 
449 aa  290  3e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19527  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0165  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.21 
 
 
444 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  61.28 
 
 
439 aa  270  2.9999999999999997e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  49.35 
 
 
424 aa  226  8e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
426 aa  224  3e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  49.78 
 
 
449 aa  219  6e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  45.5 
 
 
414 aa  189  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0104  Extracellular ligand-binding receptor  48.23 
 
 
422 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  42.42 
 
 
412 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.91 
 
 
415 aa  171  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2207  Extracellular ligand-binding receptor  44.59 
 
 
426 aa  165  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  40.83 
 
 
415 aa  151  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  37.33 
 
 
421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  37.79 
 
 
404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 
397 aa  110  7.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 
442 aa  109  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3090  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
425 aa  106  8e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.989636  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1736  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.89 
 
 
425 aa  106  8e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 
440 aa  105  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
376 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
399 aa  95.9  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0778  extracellular ligand-binding receptor  34.4 
 
 
437 aa  95.9  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.964446  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  35.84 
 
 
394 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 
441 aa  90.9  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  31.63 
 
 
395 aa  90.5  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
440 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  34.68 
 
 
394 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  34.68 
 
 
394 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
440 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
417 aa  87.4  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
418 aa  87  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
373 aa  86.7  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
399 aa  85.9  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  33.6 
 
 
439 aa  85.9  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2423  Extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
410 aa  85.1  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0867221 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
388 aa  84.7  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  32.94 
 
 
433 aa  84  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  31.88 
 
 
372 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 
372 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.88 
 
 
380 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.88 
 
 
380 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.88 
 
 
380 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.88 
 
 
380 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  31.88 
 
 
380 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
394 aa  83.6  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.36 
 
 
371 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.58 
 
 
378 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.24 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2456  Extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
409 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.4 
 
 
380 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  33.18 
 
 
439 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
372 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.92 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  30.92 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.92 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.92 
 
 
376 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.92 
 
 
380 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.92 
 
 
380 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.92 
 
 
380 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
400 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
372 aa  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 
412 aa  77.8  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
400 aa  77.4  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
380 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
380 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.43 
 
 
384 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
379 aa  77  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 
400 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
380 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
391 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
391 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
401 aa  76.6  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0893  Extracellular ligand-binding receptor  31.05 
 
 
423 aa  76.3  0.0000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.95 
 
 
380 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
372 aa  76.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
384 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  33 
 
 
381 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
379 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
380 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
384 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
384 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
376 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  33.66 
 
 
404 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  32.68 
 
 
392 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.9 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3417  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
409 aa  75.1  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.498074  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 
386 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
379 aa  74.3  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 
381 aa  73.9  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
384 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
384 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0295  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
425 aa  73.9  0.000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00215274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
375 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
373 aa  73.6  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
396 aa  73.2  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
382 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
382 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>