More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3862 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03309  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  99.46 
 
 
367 aa  745    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  99.73 
 
 
367 aa  748    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0256  extracellular ligand-binding receptor  99.46 
 
 
367 aa  745    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3769  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  94.25 
 
 
365 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3659  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  99.46 
 
 
367 aa  745    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3938  leucine-specific-binding protein  94.01 
 
 
367 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3836  leucine-specific-binding protein  94.25 
 
 
365 aa  708    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3759  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  94.28 
 
 
367 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  99.46 
 
 
367 aa  746    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  92.92 
 
 
366 aa  705    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03262  hypothetical protein  99.46 
 
 
367 aa  745    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3942  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  99.73 
 
 
367 aa  748    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4780  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  99.73 
 
 
367 aa  748    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  100 
 
 
367 aa  749    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3879  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  94.28 
 
 
367 aa  713    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3872  Extracellular ligand-binding receptor  78.69 
 
 
370 aa  611  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4059  Extracellular ligand-binding receptor  78.96 
 
 
370 aa  599  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  76.84 
 
 
371 aa  595  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  75.96 
 
 
370 aa  593  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  77.24 
 
 
369 aa  591  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  76.96 
 
 
369 aa  590  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3833  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.69 
 
 
369 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3755  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.69 
 
 
369 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3935  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.69 
 
 
369 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.96 
 
 
369 aa  590  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.96 
 
 
369 aa  590  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3876  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.69 
 
 
369 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.96 
 
 
369 aa  590  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3766  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.69 
 
 
369 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  76.96 
 
 
369 aa  590  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3740  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  76.42 
 
 
369 aa  588  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03307  leucine transporter subunit  76.42 
 
 
369 aa  586  1e-166  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  74.86 
 
 
370 aa  587  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03260  hypothetical protein  76.42 
 
 
369 aa  586  1e-166  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3668  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  74.66 
 
 
371 aa  584  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210463  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0244  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein  75.2 
 
 
371 aa  587  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  75.88 
 
 
369 aa  582  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3974  extracellular ligand-binding receptor  74.66 
 
 
371 aa  581  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  58.17 
 
 
374 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  57.89 
 
 
375 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.06 
 
 
374 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  59.77 
 
 
373 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  59.49 
 
 
371 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  58.64 
 
 
371 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  58.92 
 
 
371 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  59.21 
 
 
371 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  58.5 
 
 
373 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  57.31 
 
 
370 aa  427  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  55.1 
 
 
373 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  54.27 
 
 
373 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  51.24 
 
 
375 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  51.59 
 
 
371 aa  375  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  51.01 
 
 
372 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  51.16 
 
 
371 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  51.16 
 
 
371 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.72 
 
 
399 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  50.87 
 
 
371 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  50.72 
 
 
372 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  50.72 
 
 
372 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  51.16 
 
 
371 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  50.72 
 
 
372 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
372 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
372 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  49.57 
 
 
358 aa  362  6e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  48.69 
 
 
373 aa  352  5.9999999999999994e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  48.67 
 
 
373 aa  351  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  48.67 
 
 
373 aa  351  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  42.15 
 
 
373 aa  298  9e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  42.5 
 
 
372 aa  296  4e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  44.14 
 
 
370 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 
368 aa  290  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  42.42 
 
 
413 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  40.33 
 
 
371 aa  287  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  42.42 
 
 
374 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  44.51 
 
 
371 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  44.23 
 
 
368 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  44.69 
 
 
372 aa  285  9e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  41.83 
 
 
368 aa  283  4.0000000000000003e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  41.83 
 
 
368 aa  282  8.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  44.23 
 
 
371 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  42.18 
 
 
370 aa  281  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  41.5 
 
 
368 aa  280  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 
371 aa  278  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  41.48 
 
 
378 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  41.48 
 
 
378 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.99 
 
 
380 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  41.48 
 
 
378 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  41 
 
 
368 aa  277  2e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 
378 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0552  extracellular ligand-binding receptor  41.99 
 
 
377 aa  276  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0988947  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  42.11 
 
 
368 aa  274  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  41.97 
 
 
373 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  38.32 
 
 
374 aa  270  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  43.58 
 
 
388 aa  269  5e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 
364 aa  268  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  41.44 
 
 
370 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  42.2 
 
 
373 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  42.03 
 
 
378 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  41.34 
 
 
367 aa  262  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  43.35 
 
 
371 aa  262  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>