More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0957 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
415 aa  818    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  55.11 
 
 
415 aa  419  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  44.95 
 
 
414 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  40.98 
 
 
426 aa  241  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  35.31 
 
 
424 aa  218  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  34.95 
 
 
449 aa  218  2e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  35.86 
 
 
412 aa  204  2e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2207  Extracellular ligand-binding receptor  33.76 
 
 
426 aa  183  5.0000000000000004e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0104  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
422 aa  179  1e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 
439 aa  176  5e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 
404 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.07 
 
 
446 aa  157  4e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
442 aa  155  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  31.03 
 
 
421 aa  151  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 
440 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
440 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0893  Extracellular ligand-binding receptor  34.39 
 
 
423 aa  141  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 
440 aa  132  7.999999999999999e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0778  extracellular ligand-binding receptor  32 
 
 
437 aa  127  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.964446  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3970  Extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
425 aa  127  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0165  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.13 
 
 
444 aa  126  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
397 aa  124  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0174  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  37.45 
 
 
449 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19527  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
399 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1149  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
442 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
441 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
439 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3333  Extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 
422 aa  117  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 
394 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  33.48 
 
 
376 aa  114  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  28.77 
 
 
395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.94 
 
 
394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 
394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  27.06 
 
 
420 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
399 aa  107  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
439 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2423  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
410 aa  103  7e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0867221 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.93 
 
 
396 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
376 aa  97.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
401 aa  96.3  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
460 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
372 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  30.82 
 
 
400 aa  94.7  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
372 aa  94  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
394 aa  93.2  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
396 aa  92  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.97 
 
 
376 aa  90.9  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
399 aa  90.9  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
380 aa  90.1  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
383 aa  89.7  8e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.27 
 
 
380 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.61 
 
 
380 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.61 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.61 
 
 
376 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 
418 aa  88.6  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.61 
 
 
380 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  25.61 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
380 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.61 
 
 
380 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 
379 aa  88.2  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.61 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1387  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
424 aa  87.8  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
388 aa  87.8  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
401 aa  88.2  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
401 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
384 aa  87  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
400 aa  87  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
388 aa  87  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  24.75 
 
 
393 aa  86.7  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.8 
 
 
380 aa  87  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
391 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
391 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0503  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
429 aa  86.7  8e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.369072  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
380 aa  86.7  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
384 aa  86.7  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1469  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
396 aa  86.3  9e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.47 
 
 
380 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
367 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
377 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.8 
 
 
384 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
405 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
384 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
384 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
370 aa  85.1  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
379 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2956  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
400 aa  84  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
401 aa  84  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
384 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
384 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
373 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
405 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
380 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
381 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.57 
 
 
399 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
393 aa  82.4  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
379 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>