More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1522 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
395 aa  781    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  71.86 
 
 
399 aa  544  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  67.68 
 
 
394 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  67.68 
 
 
394 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  67.68 
 
 
394 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  63 
 
 
399 aa  491  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  65.24 
 
 
394 aa  473  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  39.1 
 
 
404 aa  256  5e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  39.73 
 
 
401 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  32.35 
 
 
418 aa  153  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  31.97 
 
 
421 aa  149  6e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.91 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3333  Extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 
422 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
442 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 
424 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 
449 aa  125  9e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
433 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.43 
 
 
371 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.43 
 
 
371 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  29.97 
 
 
420 aa  121  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  32.12 
 
 
441 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  30.46 
 
 
414 aa  120  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 
440 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 
440 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
439 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  33.85 
 
 
372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
372 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
440 aa  110  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1387  Extracellular ligand-binding receptor  34.72 
 
 
424 aa  109  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
376 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  35.74 
 
 
368 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  36.44 
 
 
368 aa  107  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  35.59 
 
 
368 aa  107  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 
371 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 
426 aa  107  5e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1149  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
442 aa  106  6e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
415 aa  106  6e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 
439 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  31.52 
 
 
371 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 
386 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
373 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
370 aa  103  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  30.67 
 
 
398 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3974  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
371 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3668  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.7 
 
 
371 aa  102  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210463  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.48 
 
 
371 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
394 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3970  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
425 aa  102  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
371 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
371 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0244  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein  28.57 
 
 
371 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
371 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
372 aa  99.8  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
371 aa  99.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
400 aa  99  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 
375 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.31 
 
 
373 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 
374 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
369 aa  98.6  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
370 aa  98.2  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
372 aa  98.6  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
371 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
374 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  36.49 
 
 
364 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28 
 
 
373 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
369 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3872  Extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
370 aa  97.4  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.58 
 
 
369 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
371 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.58 
 
 
369 aa  97.1  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.58 
 
 
369 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
369 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
412 aa  97.1  6e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.58 
 
 
369 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
370 aa  96.7  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3740  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.27 
 
 
369 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
374 aa  95.5  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03307  leucine transporter subunit  26.27 
 
 
369 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.01 
 
 
396 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.27 
 
 
374 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 
378 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3935  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.73 
 
 
369 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03260  hypothetical protein  26.27 
 
 
369 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3833  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.73 
 
 
369 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3766  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.73 
 
 
369 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3755  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.73 
 
 
369 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 
358 aa  94.7  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
373 aa  94.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3876  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.73 
 
 
369 aa  94.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  32.16 
 
 
377 aa  94.4  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
366 aa  94  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
368 aa  94  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  29.47 
 
 
375 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
366 aa  93.2  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4059  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
370 aa  92.8  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
371 aa  92.8  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>