More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2892 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
439 aa  886    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  45.65 
 
 
424 aa  320  3e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  46.32 
 
 
449 aa  316  4e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  60 
 
 
446 aa  286  5.999999999999999e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  40.79 
 
 
426 aa  278  1e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  40.43 
 
 
414 aa  270  4e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  37.14 
 
 
415 aa  233  6e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  36.71 
 
 
412 aa  231  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0104  Extracellular ligand-binding receptor  39.15 
 
 
422 aa  230  3e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2207  Extracellular ligand-binding receptor  37.28 
 
 
426 aa  222  9.999999999999999e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 
415 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0174  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.81 
 
 
449 aa  163  6e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19527  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0165  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.77 
 
 
444 aa  162  8.000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  33.59 
 
 
421 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0778  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
437 aa  144  3e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.964446  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0893  Extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 
423 aa  141  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  30.7 
 
 
439 aa  140  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 
397 aa  138  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
404 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
433 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
442 aa  122  9e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
440 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3970  Extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
425 aa  119  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
401 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  32.16 
 
 
440 aa  112  9e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1959  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4793  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
441 aa  106  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000997112  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1378  Extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
439 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  31.56 
 
 
394 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
394 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.89 
 
 
394 aa  97.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
372 aa  97.1  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  26.63 
 
 
420 aa  94  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2423  Extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
410 aa  93.2  8e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0867221 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
394 aa  91.3  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
372 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
388 aa  89.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
373 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
377 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
375 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
376 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  25.14 
 
 
395 aa  86.3  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1736  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.45 
 
 
425 aa  84.3  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.33 
 
 
389 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.81 
 
 
376 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
409 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1489  Legumain  24.16 
 
 
741 aa  80.9  0.00000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.26033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.44 
 
 
372 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.9 
 
 
371 aa  79.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
382 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3333  Extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
422 aa  79  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
381 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
382 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
399 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
396 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
417 aa  76.6  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
375 aa  76.6  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
386 aa  76.3  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0110  Extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
380 aa  76.3  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  22.05 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 
372 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2165  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
399 aa  75.5  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131423  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.28 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
405 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
401 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
397 aa  74.3  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
371 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
400 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.48 
 
 
399 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
375 aa  74.3  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3090  Extracellular ligand-binding receptor  33.7 
 
 
425 aa  74.3  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.989636  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
373 aa  73.9  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
372 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
372 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
372 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
401 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
371 aa  73.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
371 aa  73.6  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
395 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
401 aa  73.2  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
372 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 
404 aa  73.2  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.34 
 
 
384 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
371 aa  71.6  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
384 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.16 
 
 
371 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
397 aa  72  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
382 aa  72  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
384 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
405 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
376 aa  71.2  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.19 
 
 
374 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
372 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
399 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
393 aa  71.6  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.48 
 
 
371 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.48 
 
 
371 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>