More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3622 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  77.58 
 
 		 417 aa  650    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  77.58 
 
 		 418 aa  649    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 418 aa  868    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  73.8 
 
 		 416 aa  655    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 418 aa  868    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  73.56 
 
 		 416 aa  646    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  77.58 
 
 		 418 aa  649    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  58.92 
 
 		 411 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  58.31 
 
 		 411 aa  490  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  59.28 
 
 		 412 aa  482  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  56.04 
 
 		 411 aa  480  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  56.97 
 
 		 409 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  56.94 
 
 		 411 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  56.7 
 
 		 411 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  56.31 
 
 		 412 aa  468  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  55.15 
 
 		 411 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  55 
 
 		 415 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  53.55 
 
 		 411 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  52.93 
 
 		 411 aa  438  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  55.15 
 
 		 410 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  60.37 
 
 		 322 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  47.58 
 
 		 410 aa  352  5e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.87 
 
 		 412 aa  348  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.85 
 
 		 409 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.23 
 
 		 411 aa  344  2e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  41.67 
 
 		 417 aa  342  7e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  46.97 
 
 		 409 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  47.73 
 
 		 410 aa  338  9e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  43.37 
 
 		 468 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  40.61 
 
 		 416 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  42.5 
 
 		 426 aa  330  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.76 
 
 		 419 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  42.75 
 
 		 422 aa  328  1.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  42.29 
 
 		 404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  42.29 
 
 		 425 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  42.29 
 
 		 425 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  42.29 
 
 		 425 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  42.29 
 
 		 425 aa  326  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.52 
 
 		 419 aa  326  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.73 
 
 		 419 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  42.29 
 
 		 425 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.52 
 
 		 419 aa  324  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  43.04 
 
 		 420 aa  324  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  40.1 
 
 		 421 aa  324  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.35 
 
 		 423 aa  322  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  38.79 
 
 		 436 aa  321  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  39.95 
 
 		 434 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.24 
 
 		 441 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.24 
 
 		 419 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  38.85 
 
 		 426 aa  318  7.999999999999999e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  41.98 
 
 		 427 aa  317  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  42.29 
 
 		 425 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.32 
 
 		 419 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  40.15 
 
 		 421 aa  313  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  40.43 
 
 		 418 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  37.82 
 
 		 437 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  37.82 
 
 		 433 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  42.18 
 
 		 419 aa  312  9e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  40.91 
 
 		 419 aa  310  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  37.83 
 
 		 426 aa  306  6e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  36.96 
 
 		 451 aa  306  6e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  39.74 
 
 		 430 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  38.87 
 
 		 425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  32.11 
 
 		 415 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.41 
 
 		 471 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.41 
 
 		 471 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 		 408 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 470 aa  108  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 415 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 371 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.16 
 
 		 371 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.63 
 
 		 399 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.16 
 
 		 371 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.51 
 
 		 373 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 		 415 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.16 
 
 		 371 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.16 
 
 		 371 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 		 372 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.22 
 
 		 373 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 		 372 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  26.72 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 375 aa  100  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 373 aa  99.8  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 373 aa  99.8  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.75 
 
 		 402 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 358 aa  99.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  27.75 
 
 		 407 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 373 aa  99  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.75 
 
 		 407 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 415 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 415 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 		 396 aa  96.7  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 		 411 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 398 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>