More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4167 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  88.69 
 
 		 410 aa  685    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  84.15 
 
 		 409 aa  677    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  100 
 
 		 410 aa  845    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  86.59 
 
 		 409 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  63.47 
 
 		 412 aa  489  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  63.64 
 
 		 411 aa  477  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  50.48 
 
 		 416 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  50.12 
 
 		 416 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  50.77 
 
 		 418 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  50.77 
 
 		 418 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  50.77 
 
 		 417 aa  384  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  50.61 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  49.76 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  46.12 
 
 		 415 aa  372  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  49.48 
 
 		 412 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  48.66 
 
 		 411 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  48.66 
 
 		 411 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  48.61 
 
 		 418 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  48.61 
 
 		 418 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  48.54 
 
 		 411 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  49.26 
 
 		 409 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  48.3 
 
 		 411 aa  364  2e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  49.14 
 
 		 411 aa  362  5.0000000000000005e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  47.6 
 
 		 412 aa  362  8e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  47.07 
 
 		 411 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  45.01 
 
 		 416 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  45.82 
 
 		 417 aa  355  6.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  46.29 
 
 		 410 aa  332  7.000000000000001e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  44.34 
 
 		 418 aa  323  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  41.73 
 
 		 436 aa  324  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  41.53 
 
 		 421 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  45.26 
 
 		 419 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  40.47 
 
 		 437 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  41.46 
 
 		 433 aa  319  6e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  45.13 
 
 		 419 aa  318  7e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  41.04 
 
 		 434 aa  318  1e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  51.07 
 
 		 322 aa  317  3e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  41.81 
 
 		 468 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  40.45 
 
 		 451 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  42.36 
 
 		 426 aa  312  9e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.31 
 
 		 419 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.31 
 
 		 419 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.91 
 
 		 419 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.91 
 
 		 441 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.91 
 
 		 419 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  41.35 
 
 		 421 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  42.57 
 
 		 427 aa  307  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.43 
 
 		 419 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  40.77 
 
 		 426 aa  304  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.73 
 
 		 423 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  42.18 
 
 		 422 aa  303  5.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  42.6 
 
 		 420 aa  302  9e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.07 
 
 		 419 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  41.65 
 
 		 430 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  39.61 
 
 		 426 aa  290  3e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  41.69 
 
 		 404 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  41.56 
 
 		 425 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  41.56 
 
 		 425 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  41.56 
 
 		 425 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  41.56 
 
 		 425 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  41.32 
 
 		 425 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  41.81 
 
 		 425 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  40.46 
 
 		 425 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  34.35 
 
 		 415 aa  188  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.17 
 
 		 471 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.17 
 
 		 471 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 419 aa  111  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 		 384 aa  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 		 415 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5971  Extracellular ligand-binding receptor  29.9 
 
 		 388 aa  89.7  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.32 
 
 		 415 aa  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 		 375 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 445 aa  89  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 373 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  26.82 
 
 		 448 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.56 
 
 		 374 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 374 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 396 aa  87.8  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 		 371 aa  86.7  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 		 402 aa  87  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 		 415 aa  87  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 417 aa  86.7  8e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 		 411 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 		 402 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 432 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 378 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 415 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.75 
 
 		 451 aa  83.6  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 396 aa  83.2  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 373 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.9 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 373 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 		 395 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 		 408 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 		 398 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.09 
 
 		 402 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>