More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2391 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
411 aa  851    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  74.21 
 
 
411 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  84.63 
 
 
411 aa  733    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  64.72 
 
 
411 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  64.96 
 
 
411 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  64.88 
 
 
412 aa  560  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  63.5 
 
 
411 aa  553  1e-156  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  63.5 
 
 
411 aa  542  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  62.2 
 
 
415 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  62.68 
 
 
409 aa  535  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  61.31 
 
 
411 aa  526  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  60.58 
 
 
412 aa  523  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  60.31 
 
 
410 aa  491  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  66.98 
 
 
322 aa  476  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  56.31 
 
 
416 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  55.77 
 
 
416 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  55.78 
 
 
418 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  55.78 
 
 
418 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  54.39 
 
 
418 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  54.39 
 
 
418 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  55.27 
 
 
417 aa  435  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.51 
 
 
409 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.51 
 
 
409 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.54 
 
 
410 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  49.37 
 
 
410 aa  343  4e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  47.27 
 
 
411 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  46.79 
 
 
412 aa  325  6e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  42.86 
 
 
436 aa  324  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  41.02 
 
 
416 aa  322  6e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  41.12 
 
 
417 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  43.43 
 
 
468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.19 
 
 
419 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  41.56 
 
 
426 aa  310  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.86 
 
 
419 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.69 
 
 
441 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.69 
 
 
419 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.86 
 
 
419 aa  309  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.25 
 
 
419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  41.15 
 
 
421 aa  306  6e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  41.46 
 
 
434 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  41.46 
 
 
427 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.23 
 
 
419 aa  300  4e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  39.69 
 
 
426 aa  300  5e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  41.75 
 
 
404 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  41.75 
 
 
425 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  41.75 
 
 
425 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  41.75 
 
 
425 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  42.14 
 
 
421 aa  298  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  40.7 
 
 
433 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  41.75 
 
 
425 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  40.76 
 
 
437 aa  297  3e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42 
 
 
423 aa  296  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  40.45 
 
 
451 aa  296  4e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  41.75 
 
 
425 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  41.75 
 
 
425 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  40.77 
 
 
418 aa  291  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  40.62 
 
 
419 aa  289  7e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  39.56 
 
 
426 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  38.72 
 
 
419 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 
430 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  39.44 
 
 
422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  40.51 
 
 
420 aa  277  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  37.47 
 
 
425 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.66 
 
 
471 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.66 
 
 
471 aa  179  7e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  31.47 
 
 
415 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
408 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
415 aa  101  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  29.47 
 
 
411 aa  100  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
419 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
396 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
390 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  23.8 
 
 
397 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
371 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
405 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
384 aa  92  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.78 
 
 
371 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.78 
 
 
371 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.78 
 
 
371 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 
411 aa  88.2  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.07 
 
 
402 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
375 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.87 
 
 
371 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.4 
 
 
407 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.4 
 
 
407 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
417 aa  84.7  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 
372 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.44 
 
 
395 aa  84  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.13 
 
 
401 aa  84.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.71 
 
 
399 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
372 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.34 
 
 
402 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
372 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
372 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
372 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
372 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
398 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.97 
 
 
403 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
402 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.1 
 
 
392 aa  80.9  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>