More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3169 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  88.08 
 
 
412 aa  704    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  100 
 
 
411 aa  843    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  63.66 
 
 
409 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  61.65 
 
 
410 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  63.41 
 
 
409 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  65.06 
 
 
410 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  47.57 
 
 
415 aa  390  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  49.39 
 
 
411 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  49.27 
 
 
416 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  49.39 
 
 
411 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  50.49 
 
 
411 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  51.48 
 
 
416 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  50.64 
 
 
417 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  50.77 
 
 
418 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  50.77 
 
 
418 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  47.84 
 
 
412 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  49.23 
 
 
418 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  49.23 
 
 
418 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
412 aa  375  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  47.95 
 
 
409 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  47.93 
 
 
411 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  47.92 
 
 
411 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  48.8 
 
 
411 aa  363  4e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  46.73 
 
 
411 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  44.27 
 
 
417 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  43.96 
 
 
411 aa  342  8e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  43.58 
 
 
416 aa  340  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  45.22 
 
 
410 aa  332  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  43.19 
 
 
421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  43.11 
 
 
437 aa  327  3e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  43.11 
 
 
433 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  42 
 
 
434 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  43.25 
 
 
436 aa  322  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  43.07 
 
 
426 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  41.65 
 
 
421 aa  320  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  40.95 
 
 
451 aa  318  9e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  44.2 
 
 
418 aa  316  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.1 
 
 
419 aa  316  6e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.1 
 
 
419 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  44.95 
 
 
419 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  43.04 
 
 
427 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.86 
 
 
419 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  42.57 
 
 
468 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  49.54 
 
 
322 aa  311  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.62 
 
 
441 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.62 
 
 
419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  44.69 
 
 
419 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  41.73 
 
 
422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  43.11 
 
 
420 aa  307  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.37 
 
 
419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.83 
 
 
423 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.37 
 
 
419 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  41.01 
 
 
425 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  40.49 
 
 
426 aa  288  9e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  39.8 
 
 
430 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  40.72 
 
 
426 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  41.91 
 
 
404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  41.91 
 
 
425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  41.91 
 
 
425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  41.91 
 
 
425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  41.91 
 
 
425 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  41.91 
 
 
425 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  41.67 
 
 
425 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  35.17 
 
 
415 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.33 
 
 
471 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
471 aa  179  5.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
411 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
384 aa  89.7  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  26.11 
 
 
373 aa  87.8  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
375 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
419 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1469  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
396 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
408 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
390 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.65 
 
 
402 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 
374 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.41 
 
 
407 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.41 
 
 
407 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
375 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  25.43 
 
 
371 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.22 
 
 
397 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
450 aa  76.3  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.57 
 
 
371 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.06 
 
 
385 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.13 
 
 
374 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
445 aa  75.1  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  25.57 
 
 
371 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.57 
 
 
371 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 
402 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
375 aa  74.3  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.17 
 
 
399 aa  73.9  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
399 aa  73.9  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
398 aa  73.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
382 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
371 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
373 aa  73.6  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
373 aa  73.6  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
396 aa  73.2  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>