More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1898 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  91.89 
 
 		 419 aa  745    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  87.56 
 
 		 418 aa  730    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  100 
 
 		 419 aa  853    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  69.64 
 
 		 417 aa  566  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  66.91 
 
 		 416 aa  556  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  65.33 
 
 		 468 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.32 
 
 		 423 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.74 
 
 		 419 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.26 
 
 		 419 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.65 
 
 		 419 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.93 
 
 		 419 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.17 
 
 		 441 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.17 
 
 		 419 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  61.94 
 
 		 434 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  60.57 
 
 		 426 aa  505  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  64.8 
 
 		 425 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  64.29 
 
 		 425 aa  498  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  64.29 
 
 		 425 aa  498  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  64.29 
 
 		 404 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.61 
 
 		 419 aa  501  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  64.29 
 
 		 425 aa  498  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  64.29 
 
 		 425 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  61.4 
 
 		 436 aa  495  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  61.93 
 
 		 433 aa  495  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  61.93 
 
 		 437 aa  495  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  61.68 
 
 		 451 aa  498  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  63.47 
 
 		 426 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  63.75 
 
 		 425 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  57.91 
 
 		 421 aa  486  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  57.77 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  57.35 
 
 		 426 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  42.89 
 
 		 416 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  43.54 
 
 		 418 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 		 418 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  42.23 
 
 		 416 aa  345  8e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  44.25 
 
 		 417 aa  345  1e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  42.61 
 
 		 418 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  42.61 
 
 		 418 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  45.26 
 
 		 410 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  44.78 
 
 		 420 aa  321  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  44.19 
 
 		 427 aa  320  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  40.62 
 
 		 411 aa  316  6e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  45.8 
 
 		 412 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  43.06 
 
 		 409 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  40.53 
 
 		 411 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  41.95 
 
 		 422 aa  308  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  40.94 
 
 		 415 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  44.81 
 
 		 410 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  42.25 
 
 		 430 aa  306  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  39.76 
 
 		 411 aa  305  9.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  45.66 
 
 		 411 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  42.52 
 
 		 409 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  39.39 
 
 		 411 aa  299  5e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  40.48 
 
 		 411 aa  299  5e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  39.19 
 
 		 411 aa  300  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  37.86 
 
 		 409 aa  296  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  38.93 
 
 		 412 aa  295  9e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  38.55 
 
 		 412 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  38.77 
 
 		 411 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  40.3 
 
 		 425 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  39.34 
 
 		 410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  44.11 
 
 		 322 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  39.9 
 
 		 411 aa  282  8.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  34.89 
 
 		 415 aa  223  7e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.34 
 
 		 471 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.09 
 
 		 471 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 		 408 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 		 384 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 396 aa  97.4  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 		 415 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.76 
 
 		 395 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 		 411 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 396 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.76 
 
 		 397 aa  91.3  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 395 aa  88.2  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 415 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 390 aa  86.7  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 419 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 		 414 aa  85.5  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 415 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 415 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.68 
 
 		 451 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 415 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 445 aa  80.1  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 417 aa  80.1  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 		 437 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1440  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 398 aa  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.615682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 401 aa  77.4  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 395 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 		 411 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  23.39 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0582  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.41 
 
 		 407 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.22 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 		 401 aa  73.6  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  24.31 
 
 		 410 aa  73.6  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 415 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 406 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>