More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3307 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  75.18 
 
 
412 aa  643    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  73.41 
 
 
409 aa  639    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  75.49 
 
 
412 aa  672    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
411 aa  852    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  82.48 
 
 
411 aa  726    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  75.43 
 
 
411 aa  669    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  78.59 
 
 
411 aa  689    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  82.48 
 
 
411 aa  724    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  82.3 
 
 
322 aa  574  1.0000000000000001e-163  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  64.86 
 
 
415 aa  552  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  61.31 
 
 
411 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  61.31 
 
 
411 aa  533  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  60.68 
 
 
411 aa  534  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  62.21 
 
 
418 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  62.21 
 
 
418 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  59.81 
 
 
416 aa  488  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  59.02 
 
 
416 aa  484  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  60.67 
 
 
417 aa  480  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  58.97 
 
 
418 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  58.97 
 
 
418 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  57.33 
 
 
410 aa  474  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.65 
 
 
410 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  47.72 
 
 
409 aa  345  8e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  49.12 
 
 
410 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.7 
 
 
411 aa  342  5e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.1 
 
 
412 aa  342  9e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  47.57 
 
 
409 aa  341  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  42.13 
 
 
417 aa  322  9.000000000000001e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  41.87 
 
 
416 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  40.45 
 
 
427 aa  306  4.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  41.04 
 
 
436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  41.71 
 
 
468 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  41.51 
 
 
421 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.11 
 
 
419 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  39.51 
 
 
422 aa  296  5e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.11 
 
 
419 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  42.89 
 
 
421 aa  294  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.21 
 
 
419 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.21 
 
 
419 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.11 
 
 
419 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.95 
 
 
419 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.95 
 
 
441 aa  289  6e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.67 
 
 
423 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  40.45 
 
 
425 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  40.45 
 
 
404 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  40.45 
 
 
425 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  40.45 
 
 
425 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  40.45 
 
 
425 aa  286  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  39.8 
 
 
420 aa  286  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  39.18 
 
 
426 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  40.25 
 
 
433 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  40.45 
 
 
425 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  40.25 
 
 
437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  39.12 
 
 
426 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  39.85 
 
 
426 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  39.65 
 
 
451 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  40.69 
 
 
434 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  40.45 
 
 
425 aa  279  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  39.09 
 
 
418 aa  279  8e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 
430 aa  278  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  39.66 
 
 
419 aa  272  9e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  39.9 
 
 
419 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  36.25 
 
 
425 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.45 
 
 
471 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.45 
 
 
471 aa  165  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  29.22 
 
 
415 aa  161  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.57 
 
 
401 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2945  extracellular ligand-binding receptor  68.57 
 
 
81 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  26 
 
 
407 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26 
 
 
407 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.63 
 
 
401 aa  98.6  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26 
 
 
402 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
401 aa  97.8  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
375 aa  97.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
371 aa  96.3  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.21 
 
 
371 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  26.21 
 
 
371 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.21 
 
 
371 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
405 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
415 aa  94.4  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
411 aa  94  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
408 aa  94  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  26.14 
 
 
395 aa  94.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  26.78 
 
 
371 aa  94  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.44 
 
 
397 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
396 aa  94  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
419 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  23.4 
 
 
397 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
372 aa  91.3  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
396 aa  91.3  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
372 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.28 
 
 
399 aa  90.1  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
372 aa  90.1  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
372 aa  90.1  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
411 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
372 aa  90.1  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
372 aa  90.1  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  25.06 
 
 
402 aa  89.7  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
406 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  24.52 
 
 
421 aa  88.2  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>