More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2392 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  74.21 
 
 		 411 aa  666    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 411 aa  848    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  72.68 
 
 		 411 aa  646    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  65.21 
 
 		 411 aa  574  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  65.45 
 
 		 411 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  64.95 
 
 		 412 aa  548  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  63.02 
 
 		 411 aa  549  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  60.88 
 
 		 415 aa  541  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  62.53 
 
 		 411 aa  538  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  61.31 
 
 		 411 aa  532  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  61.08 
 
 		 409 aa  529  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  60.58 
 
 		 412 aa  526  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  58.17 
 
 		 416 aa  488  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  59.79 
 
 		 410 aa  488  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  67.6 
 
 		 322 aa  478  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  58.48 
 
 		 416 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  57.99 
 
 		 418 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  57.99 
 
 		 418 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  58.25 
 
 		 417 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  55.5 
 
 		 418 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  55.5 
 
 		 418 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.3 
 
 		 410 aa  358  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.31 
 
 		 409 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.07 
 
 		 409 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  48.87 
 
 		 410 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.72 
 
 		 412 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.35 
 
 		 411 aa  334  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  40.53 
 
 		 416 aa  327  3e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  41.96 
 
 		 436 aa  325  7e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  42.08 
 
 		 421 aa  322  5e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  40.76 
 
 		 417 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  42.89 
 
 		 427 aa  315  9e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  41.37 
 
 		 437 aa  313  3.9999999999999997e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  41.31 
 
 		 433 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  41.31 
 
 		 421 aa  311  1e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.87 
 
 		 419 aa  309  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.87 
 
 		 419 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.87 
 
 		 441 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  41.52 
 
 		 468 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.13 
 
 		 419 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  40.97 
 
 		 426 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.77 
 
 		 419 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  40.91 
 
 		 451 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.13 
 
 		 419 aa  306  6e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  40.2 
 
 		 434 aa  305  7e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  41.5 
 
 		 425 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  41.5 
 
 		 404 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  41.5 
 
 		 425 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  41.5 
 
 		 425 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  41.5 
 
 		 425 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.9 
 
 		 419 aa  301  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  39.9 
 
 		 418 aa  300  4e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  41.5 
 
 		 425 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  39.42 
 
 		 426 aa  298  8e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  41.5 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 		 422 aa  296  6e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  42.42 
 
 		 420 aa  295  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.76 
 
 		 423 aa  293  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  40.15 
 
 		 426 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  40.53 
 
 		 419 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  40.2 
 
 		 430 aa  290  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  39.08 
 
 		 419 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  38.99 
 
 		 425 aa  272  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  33.65 
 
 		 415 aa  193  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.84 
 
 		 471 aa  188  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.84 
 
 		 471 aa  187  3e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 408 aa  106  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 419 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  28.66 
 
 		 395 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.44 
 
 		 397 aa  97.1  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 405 aa  96.3  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 396 aa  95.5  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 		 384 aa  94  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 396 aa  90.1  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 411 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.67 
 
 		 401 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 		 411 aa  87.4  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 406 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 		 415 aa  86.7  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  26.42 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.42 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.42 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.54 
 
 		 402 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2894  Extracellular ligand-binding receptor  22.81 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 372 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 413 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 372 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  23.12 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.62 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  25.43 
 
 		 371 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>