More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2221 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  100 
 
 		 419 aa  852    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  87.8 
 
 		 418 aa  722    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  91.89 
 
 		 419 aa  737    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  69.9 
 
 		 417 aa  567  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  66.34 
 
 		 416 aa  552  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  64.07 
 
 		 468 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.98 
 
 		 419 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.14 
 
 		 423 aa  524  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.02 
 
 		 419 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.93 
 
 		 419 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.45 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  60.1 
 
 		 434 aa  509  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.45 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.45 
 
 		 441 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  61.52 
 
 		 426 aa  501  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  63.25 
 
 		 425 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.61 
 
 		 419 aa  497  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  62.75 
 
 		 425 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  62.75 
 
 		 404 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  62.75 
 
 		 425 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  62.75 
 
 		 425 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  62.75 
 
 		 425 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  62.95 
 
 		 426 aa  490  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  60.66 
 
 		 433 aa  484  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  63 
 
 		 425 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  60.65 
 
 		 436 aa  486  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  60.15 
 
 		 451 aa  483  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  60.66 
 
 		 437 aa  484  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  57.14 
 
 		 421 aa  481  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  57.35 
 
 		 421 aa  481  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  58.02 
 
 		 426 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  43.04 
 
 		 418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  43.04 
 
 		 418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  42.2 
 
 		 416 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  43.73 
 
 		 417 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  41.15 
 
 		 416 aa  332  5e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  42.2 
 
 		 418 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  42.2 
 
 		 418 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  45.13 
 
 		 410 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  44.02 
 
 		 420 aa  319  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  45.69 
 
 		 410 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  43.89 
 
 		 427 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  43.06 
 
 		 409 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  38.72 
 
 		 411 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  45.55 
 
 		 412 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  43.83 
 
 		 409 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  41.9 
 
 		 422 aa  303  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  39.52 
 
 		 411 aa  302  6.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  39.9 
 
 		 415 aa  300  2e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  44.64 
 
 		 411 aa  299  7e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  39.08 
 
 		 411 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  41.25 
 
 		 430 aa  297  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  38.72 
 
 		 411 aa  296  3e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  38.72 
 
 		 411 aa  297  3e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  40.53 
 
 		 411 aa  295  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  38.54 
 
 		 412 aa  293  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  39.22 
 
 		 409 aa  291  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  39.8 
 
 		 412 aa  290  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 		 411 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  39.66 
 
 		 411 aa  281  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  44.98 
 
 		 322 aa  280  4e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  39.04 
 
 		 410 aa  277  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  38.29 
 
 		 425 aa  276  7e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  33.41 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.67 
 
 		 471 aa  197  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.42 
 
 		 471 aa  195  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 408 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 384 aa  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 396 aa  96.3  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 411 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 		 396 aa  94.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 390 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.21 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  28.06 
 
 		 395 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 		 395 aa  87.4  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 401 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.42 
 
 		 451 aa  84.7  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 415 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 419 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 414 aa  81.3  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 445 aa  80.1  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 		 437 aa  79.7  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  25.18 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0582  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  24.94 
 
 		 407 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  25.4 
 
 		 450 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0244  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein  24.38 
 
 		 371 aa  76.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 		 371 aa  75.5  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  24.78 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  25.46 
 
 		 450 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3668  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.38 
 
 		 371 aa  75.1  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  25.2 
 
 		 450 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3974  extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  25.38 
 
 		 450 aa  73.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>