More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1487 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  76.07 
 
 		 421 aa  644    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  100 
 
 		 434 aa  894    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  73.02 
 
 		 426 aa  664    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  75.64 
 
 		 421 aa  669    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  73.28 
 
 		 436 aa  643    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  76.57 
 
 		 433 aa  650    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  73.1 
 
 		 437 aa  650    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  75.63 
 
 		 451 aa  655    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  62.5 
 
 		 426 aa  538  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  62.16 
 
 		 416 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  61.15 
 
 		 417 aa  517  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  62.03 
 
 		 468 aa  508  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.62 
 
 		 423 aa  490  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  58.91 
 
 		 419 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  57.92 
 
 		 418 aa  482  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  60.33 
 
 		 419 aa  480  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.4 
 
 		 419 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.15 
 
 		 441 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.15 
 
 		 419 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.65 
 
 		 419 aa  472  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.9 
 
 		 419 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.9 
 
 		 419 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.9 
 
 		 419 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  57.21 
 
 		 425 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  56.76 
 
 		 404 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  57.21 
 
 		 425 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  55.85 
 
 		 426 aa  451  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  57.21 
 
 		 425 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  57.21 
 
 		 425 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  57.21 
 
 		 425 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  56.76 
 
 		 425 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  41.46 
 
 		 418 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  41.46 
 
 		 418 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  40.76 
 
 		 416 aa  332  6e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  42.21 
 
 		 416 aa  332  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  42.21 
 
 		 417 aa  330  4e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 		 418 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 		 418 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  42.5 
 
 		 415 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  41.4 
 
 		 409 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  41.46 
 
 		 411 aa  306  6e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  40.38 
 
 		 410 aa  306  6e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  39.01 
 
 		 430 aa  302  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  39.81 
 
 		 409 aa  299  8e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  40.89 
 
 		 410 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  39.58 
 
 		 411 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  41.96 
 
 		 410 aa  297  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  41.73 
 
 		 412 aa  296  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  40.15 
 
 		 427 aa  295  9e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  42.82 
 
 		 411 aa  295  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  38.19 
 
 		 411 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  40.49 
 
 		 425 aa  292  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  39.8 
 
 		 420 aa  292  9e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  40.2 
 
 		 409 aa  292  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  40.72 
 
 		 411 aa  292  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  40.8 
 
 		 412 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  39.77 
 
 		 411 aa  290  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  40.94 
 
 		 411 aa  290  3e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  38.04 
 
 		 422 aa  288  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  38.98 
 
 		 412 aa  287  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  39.4 
 
 		 411 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  44.51 
 
 		 322 aa  277  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  40.24 
 
 		 411 aa  273  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  35.05 
 
 		 415 aa  224  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.82 
 
 		 471 aa  203  4e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.58 
 
 		 471 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 408 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 419 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 396 aa  87.8  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 396 aa  88.2  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 		 411 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 		 432 aa  82.4  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 		 416 aa  79  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 384 aa  75.9  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0582  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.5 
 
 		 407 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 		 415 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  23.41 
 
 		 384 aa  72.4  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 380 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  24.78 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 415 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  26.06 
 
 		 413 aa  70.1  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  24.26 
 
 		 401 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  22.97 
 
 		 397 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 402 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 391 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.88 
 
 		 376 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  23.71 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.28 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  23.79 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>