More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4564 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  93.38 
 
 		 409 aa  748    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  87.59 
 
 		 410 aa  715    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  92.89 
 
 		 409 aa  744    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 410 aa  845    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  63.73 
 
 		 412 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  65.97 
 
 		 411 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  49.75 
 
 		 416 aa  395  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  48.56 
 
 		 416 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  50.96 
 
 		 411 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  49.74 
 
 		 417 aa  381  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  49.74 
 
 		 418 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  49.74 
 
 		 418 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  50.73 
 
 		 411 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  46.17 
 
 		 415 aa  372  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  49.15 
 
 		 411 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  49.64 
 
 		 409 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  49.39 
 
 		 411 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  48.8 
 
 		 412 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 		 412 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  47.73 
 
 		 418 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  47.73 
 
 		 418 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  48.55 
 
 		 411 aa  365  1e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  48.55 
 
 		 411 aa  364  2e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  47.95 
 
 		 411 aa  360  4e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  47.2 
 
 		 411 aa  357  2.9999999999999997e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  45.77 
 
 		 417 aa  352  5e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  44.87 
 
 		 416 aa  351  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  45.27 
 
 		 410 aa  325  7e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  41.78 
 
 		 421 aa  323  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  43.61 
 
 		 426 aa  323  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  41.73 
 
 		 436 aa  322  6e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  40.89 
 
 		 434 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  45.69 
 
 		 419 aa  319  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  41.4 
 
 		 468 aa  317  3e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  43.16 
 
 		 418 aa  316  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  39.31 
 
 		 437 aa  315  8e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.43 
 
 		 419 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.43 
 
 		 419 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  39.31 
 
 		 433 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  41.6 
 
 		 421 aa  313  3.9999999999999997e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  42 
 
 		 422 aa  312  6.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  40.2 
 
 		 451 aa  312  9e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  50.61 
 
 		 322 aa  311  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.57 
 
 		 419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.57 
 
 		 419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.57 
 
 		 441 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  42.46 
 
 		 420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  44.81 
 
 		 419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.81 
 
 		 419 aa  305  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  42.24 
 
 		 427 aa  305  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.07 
 
 		 419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.16 
 
 		 423 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  39.86 
 
 		 426 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  40.62 
 
 		 426 aa  297  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  41.18 
 
 		 425 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  41.18 
 
 		 425 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  41.18 
 
 		 425 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  40.99 
 
 		 404 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  41.18 
 
 		 425 aa  292  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  40.1 
 
 		 430 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  40.93 
 
 		 425 aa  290  4e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  41.42 
 
 		 425 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  39.9 
 
 		 425 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  33.65 
 
 		 415 aa  197  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.5 
 
 		 471 aa  182  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.5 
 
 		 471 aa  181  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 419 aa  106  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 		 411 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 		 384 aa  96.7  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 		 378 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.96 
 
 		 415 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 		 373 aa  90.1  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  25.41 
 
 		 448 aa  89.7  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 375 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5971  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 388 aa  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 		 415 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 396 aa  89.4  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 374 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 		 397 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 445 aa  87.4  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 		 395 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 382 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 415 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 		 415 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  27.44 
 
 		 407 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.44 
 
 		 407 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.44 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  26.08 
 
 		 451 aa  84  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.75 
 
 		 374 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  26.52 
 
 		 413 aa  83.2  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 		 397 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 432 aa  82.8  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 373 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 373 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  24.93 
 
 		 391 aa  82  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 413 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>