More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2931 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  77.56 
 
 
411 aa  682    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  77.32 
 
 
411 aa  681    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  73.48 
 
 
411 aa  644    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  75.43 
 
 
412 aa  656    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  81.22 
 
 
411 aa  698    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
409 aa  848    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  78.97 
 
 
412 aa  674    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  73.41 
 
 
411 aa  622  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  63.39 
 
 
415 aa  559  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  78.44 
 
 
322 aa  543  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  62.68 
 
 
411 aa  535  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  62.63 
 
 
410 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  60.73 
 
 
411 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  61.08 
 
 
411 aa  518  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  59.59 
 
 
418 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  59.59 
 
 
418 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  59.54 
 
 
418 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  59.54 
 
 
418 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  58.82 
 
 
416 aa  468  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  57.7 
 
 
416 aa  463  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  58.51 
 
 
417 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  51.84 
 
 
409 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  50.62 
 
 
409 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.26 
 
 
410 aa  345  6e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.1 
 
 
411 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
410 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.97 
 
 
412 aa  335  9e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  42.5 
 
 
427 aa  318  7.999999999999999e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  41.12 
 
 
417 aa  316  5e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  40.65 
 
 
416 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  42.07 
 
 
468 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  40.1 
 
 
436 aa  308  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  41.62 
 
 
422 aa  302  7.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.31 
 
 
441 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.31 
 
 
419 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.24 
 
 
419 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.06 
 
 
419 aa  297  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.81 
 
 
419 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.24 
 
 
419 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  42.56 
 
 
420 aa  295  8e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.06 
 
 
419 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  39.65 
 
 
433 aa  294  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  39.65 
 
 
437 aa  294  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  40.2 
 
 
434 aa  292  9e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  41.13 
 
 
421 aa  291  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  41.22 
 
 
421 aa  288  1e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  39.19 
 
 
426 aa  287  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  40.55 
 
 
425 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  38.26 
 
 
426 aa  285  8e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  40.65 
 
 
404 aa  285  9e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  39.9 
 
 
426 aa  285  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  40.65 
 
 
425 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  40.65 
 
 
425 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  40.65 
 
 
425 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  40.65 
 
 
425 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.55 
 
 
423 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  40.31 
 
 
430 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  40.65 
 
 
425 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  40.65 
 
 
425 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  37.62 
 
 
418 aa  276  4e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  37.22 
 
 
451 aa  276  5e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  37.86 
 
 
419 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  39.22 
 
 
419 aa  273  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  31.75 
 
 
415 aa  180  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.22 
 
 
471 aa  176  9e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.22 
 
 
471 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2945  extracellular ligand-binding receptor  78.57 
 
 
81 aa  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.3 
 
 
401 aa  99.4  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  26.42 
 
 
397 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
408 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 
419 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  27.4 
 
 
407 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.4 
 
 
402 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  27.4 
 
 
407 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
375 aa  94.4  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
371 aa  93.6  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
401 aa  93.2  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.41 
 
 
397 aa  90.9  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.5 
 
 
392 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
372 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
390 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
372 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
372 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.99 
 
 
399 aa  87.8  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  26.89 
 
 
402 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
372 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
372 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
372 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  26.55 
 
 
395 aa  87  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
399 aa  86.3  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.6 
 
 
399 aa  86.3  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
401 aa  86.3  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.06 
 
 
403 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
384 aa  84  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
396 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.32 
 
 
401 aa  83.6  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
358 aa  82.8  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
411 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
445 aa  81.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  26.1 
 
 
371 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>