More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5971 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5971  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 388 aa  786    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0264  extracellular ligand-binding receptor  62.6 
 
 		 391 aa  462  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3656  extracellular ligand-binding receptor  59.44 
 
 		 393 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197403  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3976  branched-chain amino acid ABC transporter  57.46 
 
 		 390 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00878543  decreased coverage  0.0022891 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2504  Extracellular ligand-binding receptor  45.79 
 
 		 404 aa  322  6e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2165  extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 		 377 aa  291  2e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.997912  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.38 
 
 		 396 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 		 383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  29.14 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 		 400 aa  107  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 379 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 		 379 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 		 375 aa  106  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 379 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 401 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 		 383 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 		 383 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 381 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  32.46 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 		 401 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 381 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.22 
 
 		 379 aa  101  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  27.22 
 
 		 379 aa  101  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 		 401 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  27.22 
 
 		 379 aa  101  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  30.52 
 
 		 398 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 380 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.5 
 
 		 382 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 392 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 		 382 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.15 
 
 		 375 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.85 
 
 		 428 aa  99.8  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 392 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 392 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 378 aa  99.8  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 378 aa  99.8  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 378 aa  99.8  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  26.91 
 
 		 379 aa  99.4  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  26.91 
 
 		 379 aa  99.4  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  26.91 
 
 		 379 aa  99.4  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.99 
 
 		 379 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 382 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 		 376 aa  98.2  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2678  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.08 
 
 		 383 aa  97.8  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.91 
 
 		 379 aa  97.8  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 		 376 aa  97.8  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.91 
 
 		 404 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 		 404 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 		 401 aa  97.4  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.43 
 
 		 399 aa  96.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4047  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 383 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  30.91 
 
 		 404 aa  96.7  7e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3474  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 383 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 383 aa  96.3  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 		 376 aa  95.9  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 		 461 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 		 399 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 		 382 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 		 461 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  25.65 
 
 		 380 aa  94.7  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3346  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 		 380 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 		 402 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.64 
 
 		 515 aa  94.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.01 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 		 399 aa  94  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 		 381 aa  92.8  8e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 411 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 		 381 aa  92.8  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 		 382 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 382 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 382 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4969  extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.935688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 460 aa  92  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3836  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 		 410 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.335848  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  28.04 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 373 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 382 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 		 386 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 		 386 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 382 aa  91.3  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 385 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0371  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 383 aa  90.9  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 373 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 382 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 		 395 aa  90.9  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.4 
 
 		 380 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.4 
 
 		 380 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.4 
 
 		 380 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>