More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3976 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3656  extracellular ligand-binding receptor  88.04 
 
 		 393 aa  697    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197403  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3976  branched-chain amino acid ABC transporter  100 
 
 		 390 aa  794    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00878543  decreased coverage  0.0022891 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0264  extracellular ligand-binding receptor  63.66 
 
 		 391 aa  463  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5971  Extracellular ligand-binding receptor  56.23 
 
 		 388 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2504  Extracellular ligand-binding receptor  52.68 
 
 		 404 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2165  extracellular ligand-binding receptor  47.62 
 
 		 377 aa  340  4e-92  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.997912  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  31.27 
 
 		 377 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 		 383 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 		 398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 400 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 		 381 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 		 383 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 392 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 392 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 		 399 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 381 aa  106  6e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.04 
 
 		 428 aa  106  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  27.33 
 
 		 380 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 378 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 401 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 		 379 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.12 
 
 		 402 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 379 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 378 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 379 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 378 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 381 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.13 
 
 		 379 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 376 aa  100  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 		 401 aa  99.4  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  30.55 
 
 		 393 aa  99.4  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 		 382 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.73 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 		 373 aa  99.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 380 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 		 375 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 		 382 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 		 376 aa  98.6  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 378 aa  97.4  3e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.61 
 
 		 378 aa  97.4  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 		 404 aa  97.4  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  29.45 
 
 		 401 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.87 
 
 		 380 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.87 
 
 		 380 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.87 
 
 		 380 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.87 
 
 		 376 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 		 382 aa  96.7  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  28.13 
 
 		 379 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  28.13 
 
 		 379 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.13 
 
 		 375 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  27.87 
 
 		 380 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.87 
 
 		 380 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 		 380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.87 
 
 		 380 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.13 
 
 		 379 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 		 381 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.16 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.16 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3836  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 		 410 aa  94.7  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.335848  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.83 
 
 		 379 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.16 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.16 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  28.16 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 391 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 376 aa  95.5  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 391 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  27.83 
 
 		 379 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  27.83 
 
 		 379 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.66 
 
 		 377 aa  94.7  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  27.83 
 
 		 379 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.95 
 
 		 380 aa  94  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.16 
 
 		 380 aa  94  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 386 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 386 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 		 398 aa  94  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 		 373 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 376 aa  93.2  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 382 aa  93.2  7e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 380 aa  92.8  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 		 373 aa  92.8  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 		 373 aa  92.8  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 		 373 aa  92.8  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4810  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 422 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.422272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 		 384 aa  92.4  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 		 373 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 377 aa  92  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 		 382 aa  92  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 		 383 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 384 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 382 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>