More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3536 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
388 aa  784    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4926  Extracellular ligand-binding receptor  39.05 
 
 
396 aa  238  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000560657  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  38.5 
 
 
381 aa  232  1e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  34.03 
 
 
419 aa  211  2e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 
393 aa  209  8e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
394 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  34.13 
 
 
399 aa  202  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
386 aa  194  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  33.08 
 
 
392 aa  193  5e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.09 
 
 
404 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
404 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  33.81 
 
 
404 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  35.82 
 
 
376 aa  189  9e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
375 aa  186  7e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  34.66 
 
 
374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 
402 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 
398 aa  179  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
390 aa  177  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 
384 aa  177  3e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
390 aa  166  8e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  32.78 
 
 
387 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 
389 aa  159  8e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.54 
 
 
395 aa  157  2e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 
385 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  32.58 
 
 
405 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.14 
 
 
388 aa  154  4e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  31.49 
 
 
391 aa  152  8e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
371 aa  152  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 
382 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
399 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1892  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
422 aa  146  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.130266  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
376 aa  144  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 
393 aa  144  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2975  extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 
419 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.225754  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 
395 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
384 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
387 aa  139  6e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
383 aa  139  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
384 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
384 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.09 
 
 
396 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
384 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  31.21 
 
 
380 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
399 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 
399 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.3 
 
 
399 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
384 aa  138  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
386 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.17 
 
 
380 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.17 
 
 
380 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  29.17 
 
 
372 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.17 
 
 
380 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.17 
 
 
378 aa  137  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.17 
 
 
380 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
386 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  29.17 
 
 
380 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 
375 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
384 aa  136  5e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
396 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.82 
 
 
399 aa  136  7.000000000000001e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  29.78 
 
 
391 aa  136  7.000000000000001e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.92 
 
 
384 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 
369 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.83 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.83 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.83 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.83 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 
397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.83 
 
 
380 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  28.83 
 
 
380 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.83 
 
 
380 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
380 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.33 
 
 
380 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.5 
 
 
382 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
401 aa  132  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
380 aa  132  9e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.04 
 
 
377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
460 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
376 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4469  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31 
 
 
404 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.91 
 
 
376 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
401 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
382 aa  131  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
369 aa  131  3e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  29.93 
 
 
368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
401 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.69 
 
 
388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  0.512532 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>