More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6587 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
388 aa  788    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  88.66 
 
 
387 aa  713    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  93.56 
 
 
387 aa  729    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  74.55 
 
 
381 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  43.79 
 
 
373 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 
383 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
384 aa  166  5.9999999999999996e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.66 
 
 
376 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
376 aa  151  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
374 aa  137  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
386 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
383 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
393 aa  127  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
381 aa  126  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  33.78 
 
 
372 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
389 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
404 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.99 
 
 
404 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
376 aa  123  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
373 aa  122  9e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
382 aa  122  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
404 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.32 
 
 
392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
398 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.93 
 
 
391 aa  119  9e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
382 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
407 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.76 
 
 
380 aa  116  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 
376 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  28.44 
 
 
380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
379 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.92 
 
 
373 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  27.12 
 
 
379 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
378 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  28.44 
 
 
373 aa  114  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
383 aa  113  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 
386 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  30.92 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
397 aa  111  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 
392 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  28.18 
 
 
371 aa  110  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 
373 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
419 aa  110  6e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 
373 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
380 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
405 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
373 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
379 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.92 
 
 
373 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
400 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.01 
 
 
373 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
381 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  31.61 
 
 
371 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.21 
 
 
373 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
375 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
380 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
372 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
376 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
406 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.49 
 
 
393 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 
373 aa  107  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
384 aa  106  7e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
373 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
379 aa  106  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
373 aa  106  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
379 aa  106  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 
387 aa  106  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2318  Extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
386 aa  106  9e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
384 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
381 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  27 
 
 
413 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
388 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
387 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
396 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
396 aa  104  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
373 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  29.83 
 
 
383 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
380 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
378 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 
396 aa  103  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
378 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
378 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
372 aa  103  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
402 aa  103  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
388 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  24.46 
 
 
391 aa  102  9e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
374 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
378 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
404 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
394 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
370 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2829  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
392 aa  102  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.560566 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3740  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  26.32 
 
 
369 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>