168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC5_0620 on replicon NC_009135
Organism: Methanococcus maripaludis C5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  100 
 
 
469 aa  939    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  78.51 
 
 
226 aa  367  1e-100  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  35.2 
 
 
620 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 
448 aa  179  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 
448 aa  177  3e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  26.81 
 
 
480 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 
480 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 
386 aa  162  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 
433 aa  161  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  31.46 
 
 
396 aa  162  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  28.18 
 
 
485 aa  160  3e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  28.54 
 
 
455 aa  159  7e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  34.35 
 
 
385 aa  158  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 
471 aa  147  3e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  30.69 
 
 
467 aa  147  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  26.08 
 
 
433 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  31.98 
 
 
402 aa  132  9e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  23.86 
 
 
456 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  27.93 
 
 
494 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  28.69 
 
 
455 aa  132  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  23.93 
 
 
468 aa  131  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 
459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  26.51 
 
 
462 aa  128  3e-28  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 
456 aa  125  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  27.25 
 
 
382 aa  123  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  27.16 
 
 
469 aa  123  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  24.95 
 
 
479 aa  121  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  28.03 
 
 
446 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  27.16 
 
 
453 aa  119  9e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  24.72 
 
 
571 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  26.1 
 
 
391 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 
467 aa  117  6e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  25.31 
 
 
582 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 
403 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  25.91 
 
 
403 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
412 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  24.34 
 
 
545 aa  111  3e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  34.26 
 
 
522 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  34.26 
 
 
526 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  29.1 
 
 
457 aa  110  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  26.12 
 
 
479 aa  110  7.000000000000001e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  35.32 
 
 
508 aa  110  7.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  25.34 
 
 
463 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  27.13 
 
 
334 aa  109  1e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  108  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  28.9 
 
 
276 aa  107  4e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
235 aa  107  5e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  22.86 
 
 
423 aa  106  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  29.47 
 
 
311 aa  105  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  26.95 
 
 
477 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  25.65 
 
 
481 aa  104  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  25.45 
 
 
634 aa  102  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  24.71 
 
 
454 aa  102  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 
412 aa  101  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  24.68 
 
 
462 aa  102  2e-20  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  29.14 
 
 
500 aa  101  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  23.61 
 
 
548 aa  100  4e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  25.9 
 
 
442 aa  100  8e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 
422 aa  99.4  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  22.82 
 
 
572 aa  99.8  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  27.45 
 
 
561 aa  98.2  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  24.54 
 
 
413 aa  98.2  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 
484 aa  97.1  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 
430 aa  95.9  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 
556 aa  95.9  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 
412 aa  94.7  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  24.54 
 
 
555 aa  93.6  6e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  26.65 
 
 
687 aa  92.8  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  22.19 
 
 
423 aa  92  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 
423 aa  92  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  25.13 
 
 
456 aa  91.7  3e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  31.66 
 
 
502 aa  90.9  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  30.04 
 
 
1492 aa  90.5  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  22.89 
 
 
611 aa  90.5  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  23 
 
 
606 aa  90.1  8e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  26.41 
 
 
492 aa  89.4  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  25.05 
 
 
622 aa  88.6  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 
389 aa  89  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  23.3 
 
 
376 aa  87  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  27.41 
 
 
478 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 
383 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  25.27 
 
 
475 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 
462 aa  81.3  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  25.26 
 
 
483 aa  81.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  24.54 
 
 
475 aa  79.7  0.00000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
545 aa  80.1  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  27.23 
 
 
519 aa  79.7  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 
663 aa  78.2  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 
509 aa  78.2  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  22.91 
 
 
515 aa  77  0.0000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 
402 aa  77  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  24.51 
 
 
374 aa  76.6  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  23.89 
 
 
462 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  23.79 
 
 
628 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 
619 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 
581 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5813  putative transcriptional regulator  21.65 
 
 
564 aa  74.7  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457165 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0904  divergent AAA domain protein  22.2 
 
 
543 aa  73.9  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  24.1 
 
 
448 aa  73.9  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  32.17 
 
 
358 aa  73.9  0.000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>