175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2462 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  100 
 
 
480 aa  989    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  97.08 
 
 
480 aa  956    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  61.73 
 
 
471 aa  595  1e-169  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  41.05 
 
 
494 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  43.63 
 
 
485 aa  321  1.9999999999999998e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  36.75 
 
 
455 aa  234  4.0000000000000004e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 
477 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  31.12 
 
 
467 aa  169  7e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  26.81 
 
 
469 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  34.51 
 
 
448 aa  159  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  28.26 
 
 
484 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 
433 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 
386 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  30.1 
 
 
382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  29.85 
 
 
391 aa  147  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  29.69 
 
 
468 aa  146  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  32.55 
 
 
385 aa  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  27.16 
 
 
481 aa  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 
478 aa  144  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  29.26 
 
 
396 aa  144  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  28.08 
 
 
479 aa  143  7e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  28.57 
 
 
403 aa  141  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
403 aa  141  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 
620 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  31.35 
 
 
508 aa  138  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  29.32 
 
 
467 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  31.12 
 
 
456 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 
479 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 
455 aa  131  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  30 
 
 
448 aa  130  8.000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  29.88 
 
 
334 aa  125  2e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  29.06 
 
 
430 aa  124  3e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  28.43 
 
 
412 aa  123  8e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  29.13 
 
 
402 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  28.76 
 
 
374 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  26.4 
 
 
462 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 
422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  26.83 
 
 
433 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  27.18 
 
 
412 aa  117  6e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  31.91 
 
 
276 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  27.48 
 
 
423 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 
457 aa  113  9e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  26.09 
 
 
423 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 
423 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 
454 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  31.8 
 
 
205 aa  111  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 
456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  26.23 
 
 
446 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  27.23 
 
 
376 aa  110  6e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  28.2 
 
 
555 aa  110  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  24.85 
 
 
475 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
394 aa  107  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  28.82 
 
 
545 aa  107  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  28.8 
 
 
469 aa  106  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  28.88 
 
 
522 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 
389 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 
226 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 
394 aa  104  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  33.33 
 
 
198 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  30.88 
 
 
299 aa  103  6e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 
459 aa  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  28.53 
 
 
526 aa  103  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  26.18 
 
 
470 aa  103  7e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  24.75 
 
 
472 aa  103  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  27.85 
 
 
413 aa  103  8e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  28.01 
 
 
519 aa  102  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  31 
 
 
235 aa  99.8  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  26.68 
 
 
572 aa  99  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 
509 aa  99  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  27.37 
 
 
483 aa  98.6  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  25.44 
 
 
485 aa  99  2e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 
402 aa  97.8  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  30.25 
 
 
311 aa  97.8  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  25.65 
 
 
561 aa  95.9  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  21.86 
 
 
462 aa  96.3  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 
463 aa  94.4  4e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
412 aa  94.4  5e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  27.47 
 
 
538 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2716  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 
1123 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.000820476  normal  0.236594 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  23.68 
 
 
453 aa  91.3  4e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  27.98 
 
 
606 aa  89.7  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  28.41 
 
 
383 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 
500 aa  89  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  29.54 
 
 
663 aa  88.2  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 
545 aa  88.6  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  24.81 
 
 
687 aa  86.7  8e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  27.18 
 
 
456 aa  86.3  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 
488 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  25.67 
 
 
556 aa  84.7  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  24.73 
 
 
582 aa  82.8  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  23.12 
 
 
462 aa  82  0.00000000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  24.44 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  26.93 
 
 
515 aa  81.3  0.00000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  24.47 
 
 
448 aa  79.7  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 
358 aa  79  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  32.11 
 
 
582 aa  77.8  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  35.58 
 
 
581 aa  77  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  22.37 
 
 
499 aa  76.6  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  24.86 
 
 
442 aa  74.7  0.000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>