155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1606 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 386 aa  788    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  77.46 
 
 		 396 aa  600  1e-170  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  36.46 
 
 		 382 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 391 aa  206  6e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  35.1 
 
 		 385 aa  186  5e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  33.51 
 
 		 402 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  36.54 
 
 		 454 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 		 485 aa  162  8.000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 469 aa  162  9e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  28.68 
 
 		 480 aa  152  8e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  33.89 
 
 		 448 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 480 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 471 aa  144  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  29.36 
 
 		 433 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  34.07 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  29.68 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  29.68 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  28.38 
 
 		 494 aa  132  9e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  28.8 
 
 		 412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  29.12 
 
 		 455 aa  128  2.0000000000000002e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  30.11 
 
 		 423 aa  126  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  28.72 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  27.22 
 
 		 394 aa  123  7e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 469 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  28.27 
 
 		 413 aa  121  3e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 		 389 aa  119  7e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  28.01 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  30.71 
 
 		 448 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 430 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  29.71 
 
 		 423 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  29.06 
 
 		 468 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  28.8 
 
 		 456 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  25.74 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 456 aa  113  5e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  27.93 
 
 		 423 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 422 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  28.91 
 
 		 475 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 402 aa  109  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 571 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 620 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 		 522 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 479 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  28.4 
 
 		 526 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  26.91 
 
 		 394 aa  104  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 467 aa  103  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 477 aa  102  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 492 aa  101  2e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  27.06 
 
 		 481 aa  100  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 433 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 545 aa  97.8  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  25.91 
 
 		 634 aa  97.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  25.06 
 
 		 462 aa  97.1  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  27.03 
 
 		 687 aa  96.3  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  26.04 
 
 		 561 aa  95.1  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 		 459 aa  95.1  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  27.67 
 
 		 500 aa  94  4e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  26.91 
 
 		 606 aa  94  4e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  26.55 
 
 		 572 aa  93.6  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 334 aa  93.2  8e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 		 446 aa  92.4  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  25.13 
 
 		 548 aa  92.8  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  25.45 
 
 		 448 aa  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 		 619 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  27.04 
 
 		 508 aa  91.3  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 		 478 aa  87.8  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  25.46 
 
 		 582 aa  87.8  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.57 
 
 		 462 aa  87.4  3e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 		 502 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 		 467 aa  85.5  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 472 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  27.63 
 
 		 484 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  28.18 
 
 		 456 aa  84  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 463 aa  83.6  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  25.65 
 
 		 509 aa  83.2  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  25.34 
 
 		 641 aa  80.9  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  24.8 
 
 		 483 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 383 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  40.38 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 602 aa  79.3  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  25.3 
 
 		 555 aa  78.6  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 412 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  29.8 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  25.63 
 
 		 556 aa  77  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  25.56 
 
 		 663 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0048  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 656 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  32.52 
 
 		 473 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  31 
 
 		 1492 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  25.65 
 
 		 581 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0052  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 656 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  26.02 
 
 		 611 aa  76.3  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  24.74 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  25.56 
 
 		 485 aa  74.3  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 		 622 aa  74.3  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  22.48 
 
 		 483 aa  74.3  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  27.13 
 
 		 504 aa  73.2  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  24.94 
 
 		 663 aa  72.8  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  22.25 
 
 		 462 aa  72  0.00000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 		 620 aa  72  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>