150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2209 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  73.17 
 
 
412 aa  650    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  100 
 
 
413 aa  849    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  57.8 
 
 
412 aa  509  1e-143  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  38.54 
 
 
403 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  38.54 
 
 
403 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  28.74 
 
 
382 aa  154  4e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 
391 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  30 
 
 
454 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 
385 aa  125  1e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  28.27 
 
 
386 aa  121  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  28.35 
 
 
396 aa  116  7.999999999999999e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  30.4 
 
 
448 aa  113  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 
402 aa  105  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  27.85 
 
 
480 aa  103  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  27.96 
 
 
433 aa  103  7e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  28.32 
 
 
448 aa  100  5e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 
480 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  23.02 
 
 
455 aa  99  1e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  24.54 
 
 
469 aa  98.2  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  28.61 
 
 
456 aa  98.2  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  23.98 
 
 
468 aa  96.3  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 
572 aa  93.6  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  25.37 
 
 
471 aa  92.8  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  26.22 
 
 
423 aa  88.6  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  25.98 
 
 
430 aa  87.4  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1271  putative transcriptional regulator  38.52 
 
 
218 aa  87.4  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  25.38 
 
 
423 aa  87.4  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  22.77 
 
 
571 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  22.82 
 
 
620 aa  85.9  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  25.25 
 
 
485 aa  85.9  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 
394 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  25 
 
 
423 aa  85.5  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  24.39 
 
 
479 aa  84.3  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  24.48 
 
 
422 aa  83.2  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  24.3 
 
 
402 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  26.72 
 
 
456 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  24.27 
 
 
462 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.25 
 
 
462 aa  80.1  0.00000000000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 
299 aa  79.7  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  26.79 
 
 
483 aa  79.7  0.00000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  26.18 
 
 
494 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  24.7 
 
 
448 aa  78.6  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 
455 aa  78.2  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  25.26 
 
 
483 aa  76.6  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  23.26 
 
 
453 aa  76.3  0.0000000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  24.75 
 
 
469 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 
459 aa  75.5  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  23.26 
 
 
473 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  24.47 
 
 
687 aa  74.3  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  23.24 
 
 
374 aa  74.3  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 
467 aa  74.3  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  22.58 
 
 
442 aa  74.7  0.000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  23.24 
 
 
484 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 
556 aa  73.9  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 
376 aa  73.6  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 
394 aa  73.2  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2157  AAA-4 family protein  32.8 
 
 
207 aa  72.8  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475743  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  23.11 
 
 
582 aa  72.4  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 
334 aa  70.5  0.00000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  24.06 
 
 
389 aa  70.1  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  22.58 
 
 
467 aa  70.1  0.00000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  26.59 
 
 
500 aa  69.7  0.00000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  22.01 
 
 
555 aa  69.7  0.00000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7034  hypothetical cytosolic protein  23.39 
 
 
484 aa  69.7  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  27.45 
 
 
502 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  23.97 
 
 
561 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 
508 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  23.59 
 
 
446 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  25.71 
 
 
477 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5703  putative transcriptional regulator  32.06 
 
 
222 aa  68.2  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.643382 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  22.71 
 
 
582 aa  67.4  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  25 
 
 
457 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3980  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 
217 aa  66.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00414076  normal  0.398554 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0631  ATPase central domain-containing protein  22.01 
 
 
377 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  25.88 
 
 
663 aa  66.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 
522 aa  65.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0617  ATPase central domain-containing protein  21.95 
 
 
377 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 
581 aa  65.1  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  26.26 
 
 
526 aa  65.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  26.39 
 
 
479 aa  64.7  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  34.48 
 
 
311 aa  64.3  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  21.74 
 
 
456 aa  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  22.39 
 
 
519 aa  63.9  0.000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 
478 aa  63.5  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1509  putative transcriptional regulator  31.54 
 
 
223 aa  63.9  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.452011  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1398  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 
160 aa  63.5  0.000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.809172 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  23.12 
 
 
606 aa  63.2  0.000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2716  putative transcriptional regulator  21.34 
 
 
1123 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.000820476  normal  0.236594 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  22.34 
 
 
545 aa  62.8  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  23.08 
 
 
548 aa  62.4  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  24.24 
 
 
470 aa  62.8  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  23.06 
 
 
462 aa  62  0.00000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  29.01 
 
 
226 aa  62  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  23.86 
 
 
478 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  28.24 
 
 
433 aa  62  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  34.12 
 
 
358 aa  60.8  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  24.26 
 
 
545 aa  60.5  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  22.98 
 
 
538 aa  60.5  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1587  putative transcriptional regulator  39.56 
 
 
225 aa  60.1  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  29.51 
 
 
209 aa  60.1  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>