169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3983 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 484 aa  1006    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  49.07 
 
 		 477 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  44.58 
 
 		 481 aa  435  1e-121  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  38.24 
 
 		 412 aa  266  5e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  37.28 
 
 		 463 aa  259  7e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  61.5 
 
 		 198 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  29.21 
 
 		 467 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 		 471 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  28.54 
 
 		 480 aa  163  7e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  27.6 
 
 		 480 aa  157  6e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  29.39 
 
 		 494 aa  156  8e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 467 aa  156  8e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  28.54 
 
 		 478 aa  154  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 		 455 aa  152  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  30.84 
 
 		 508 aa  150  4e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  28.86 
 
 		 448 aa  143  8e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  28.89 
 
 		 479 aa  141  3e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  27.39 
 
 		 485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  27.2 
 
 		 469 aa  125  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  31.54 
 
 		 502 aa  123  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  26.95 
 
 		 446 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  29.09 
 
 		 433 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 		 448 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  26.51 
 
 		 403 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  26.51 
 
 		 403 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  25.63 
 
 		 455 aa  107  5e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  27.41 
 
 		 522 aa  105  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  26.61 
 
 		 456 aa  104  4e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  25.19 
 
 		 462 aa  103  9e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  27.08 
 
 		 526 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  24.62 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  24.61 
 
 		 620 aa  100  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  25.26 
 
 		 469 aa  101  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  26.11 
 
 		 462 aa  100  6e-20  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 		 456 aa  100  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  24.8 
 
 		 457 aa  99.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 582 aa  98.2  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 468 aa  95.9  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  33.67 
 
 		 205 aa  94.7  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  30.93 
 
 		 500 aa  94  5e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  26.37 
 
 		 456 aa  93.6  8e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  25.67 
 
 		 385 aa  91.7  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 		 485 aa  92.4  2e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  25.25 
 
 		 687 aa  90.9  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  23.04 
 
 		 453 aa  89.7  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 		 606 aa  89  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  28.61 
 
 		 386 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  25.69 
 
 		 423 aa  88.6  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 		 391 aa  87.8  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 412 aa  87.4  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  26.6 
 
 		 459 aa  87.4  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 		 402 aa  86.7  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  27.14 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3863  filamentation induced by cAMP protein Fic  50 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0343511 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  23.73 
 
 		 509 aa  84.3  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 479 aa  84  0.000000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  23.65 
 
 		 483 aa  82.8  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  24.64 
 
 		 572 aa  81.6  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  27.7 
 
 		 454 aa  81.6  0.00000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0416  filamentation induced by cAMP protein Fic  47.12 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  23.63 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  24.44 
 
 		 545 aa  80.5  0.00000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  24.68 
 
 		 412 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 423 aa  79.7  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  25.05 
 
 		 475 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 		 586 aa  79  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  24.56 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  23.89 
 
 		 519 aa  76.6  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 		 422 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 		 334 aa  76.6  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 		 581 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  28.45 
 
 		 235 aa  75.5  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  23.8 
 
 		 483 aa  75.9  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  24.52 
 
 		 561 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  22.13 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3241  filamentation induced by cAMP protein Fic  45.78 
 
 		 175 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  24.89 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 		 462 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 538 aa  72.4  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  25.2 
 
 		 472 aa  71.6  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  23.16 
 
 		 545 aa  70.9  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  23.46 
 
 		 548 aa  70.9  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1271  putative transcriptional regulator  32.64 
 
 		 218 aa  70.9  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 551 aa  70.5  0.00000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  24.94 
 
 		 448 aa  70.1  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  24.02 
 
 		 634 aa  68.9  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1812  hypothetical protein  45.45 
 
 		 224 aa  68.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 394 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4318  hypothetical protein  25.76 
 
 		 376 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598317  normal  0.713921 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 498 aa  68.6  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  24.76 
 
 		 641 aa  67.8  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  24.01 
 
 		 483 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  24.65 
 
 		 571 aa  67.4  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2669  Fic family protein  40.48 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  26.64 
 
 		 488 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 226 aa  67  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  23.78 
 
 		 389 aa  66.2  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>