125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1448 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 499 aa  1029    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  49.3 
 
 		 485 aa  473  1e-132  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  50.51 
 
 		 483 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  43.98 
 
 		 458 aa  335  2e-90  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  38.54 
 
 		 498 aa  296  4e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1151  putative transcriptional regulator  85.38 
 
 		 163 aa  295  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.796033  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  43.96 
 
 		 322 aa  266  5e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1442  putative transcriptional regulator  74.59 
 
 		 179 aa  266  5.999999999999999e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.174076  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  44.27 
 
 		 314 aa  261  3e-68  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1148  hypothetical protein  80.36 
 
 		 113 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 622 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  24.81 
 
 		 494 aa  104  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  25.99 
 
 		 515 aa  99  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  24.3 
 
 		 504 aa  92  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  24.62 
 
 		 556 aa  89.4  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 		 522 aa  88.2  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  24.46 
 
 		 475 aa  87.8  4e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  30.13 
 
 		 526 aa  87  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0048  putative transcriptional regulator  25.19 
 
 		 656 aa  86.7  9e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0052  putative transcriptional regulator  25.19 
 
 		 656 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  24.58 
 
 		 555 aa  83.2  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  25.65 
 
 		 606 aa  82.8  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5660  putative transcriptional regulator  23.54 
 
 		 643 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 634 aa  80.5  0.00000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  22.27 
 
 		 480 aa  80.5  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 462 aa  80.1  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  23.99 
 
 		 620 aa  79.7  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  25.26 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  23.13 
 
 		 663 aa  76.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  22.37 
 
 		 480 aa  76.6  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  23.39 
 
 		 485 aa  75.5  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.26 
 
 		 478 aa  74.3  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  23.66 
 
 		 477 aa  73.6  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  22.22 
 
 		 471 aa  72.8  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  24.6 
 
 		 433 aa  72.8  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0904  divergent AAA domain protein  24.53 
 
 		 543 aa  72.4  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  24.41 
 
 		 551 aa  72.4  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  23.53 
 
 		 481 aa  70.9  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  24.69 
 
 		 687 aa  70.5  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  23.7 
 
 		 620 aa  70.5  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  23.7 
 
 		 620 aa  70.5  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  22.28 
 
 		 545 aa  70.1  0.00000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  26.42 
 
 		 403 aa  70.1  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  26.42 
 
 		 403 aa  70.1  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  23.11 
 
 		 484 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  22.06 
 
 		 455 aa  68.6  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  24.07 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  25.39 
 
 		 641 aa  68.2  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  22.38 
 
 		 469 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 508 aa  67  0.0000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  24.3 
 
 		 467 aa  66.6  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  21.57 
 
 		 548 aa  65.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 		 448 aa  65.5  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3313  putative transcriptional regulator  32.43 
 
 		 206 aa  64.7  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  24.87 
 
 		 586 aa  63.9  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  23.6 
 
 		 611 aa  62.8  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  22.85 
 
 		 446 aa  61.2  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  26.64 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  20.73 
 
 		 430 aa  60.1  0.00000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 209 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  24.26 
 
 		 519 aa  59.3  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  23.2 
 
 		 412 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  24.16 
 
 		 448 aa  58.5  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  20.35 
 
 		 391 aa  57.8  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 		 502 aa  57  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  23.06 
 
 		 628 aa  57  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  24.29 
 
 		 492 aa  56.6  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  23.17 
 
 		 572 aa  55.8  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3241  filamentation induced by cAMP protein Fic  45.45 
 
 		 175 aa  54.7  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  24.16 
 
 		 478 aa  54.3  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3084  hypothetical protein  37.66 
 
 		 778 aa  54.3  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108127 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  22.94 
 
 		 509 aa  54.3  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0553  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 		 489 aa  53.9  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  24.03 
 
 		 454 aa  53.9  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1812  hypothetical protein  37.78 
 
 		 224 aa  53.9  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  25.26 
 
 		 475 aa  52.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 		 226 aa  52.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  22.41 
 
 		 467 aa  51.6  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0631  ATPase central domain-containing protein  21.66 
 
 		 377 aa  51.6  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0157  AAA ATPase  28.57 
 
 		 382 aa  50.8  0.00005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0617  ATPase central domain-containing protein  21.66 
 
 		 377 aa  50.8  0.00006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3526  putative transcriptional regulator  23.93 
 
 		 459 aa  50.4  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1740  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 230 aa  50.4  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.952214  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3033  hypothetical protein  39.71 
 
 		 756 aa  50.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2295  putative transcriptional regulator  32.04 
 
 		 208 aa  50.4  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.619518  hitchhiker  0.00086981 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  21.45 
 
 		 386 aa  50.4  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  21.57 
 
 		 382 aa  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  21.35 
 
 		 462 aa  49.7  0.0001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  23.82 
 
 		 389 aa  50.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  26.55 
 
 		 561 aa  49.7  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0416  filamentation induced by cAMP protein Fic  40.74 
 
 		 336 aa  50.1  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1509  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 		 223 aa  49.7  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.452011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  21.91 
 
 		 463 aa  50.1  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0967  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 241 aa  49.3  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2157  AAA-4 family protein  36.84 
 
 		 207 aa  48.9  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475743  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  21.52 
 
 		 396 aa  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  24.81 
 
 		 479 aa  48.5  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  21.8 
 
 		 394 aa  48.5  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1398  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 160 aa  47.4  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.809172 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3359  divergent AAA region  36.76 
 
 		 348 aa  47.8  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>