134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1402 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  100 
 
 
551 aa  1117    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  44.18 
 
 
556 aa  422  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  41.22 
 
 
555 aa  382  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  33.39 
 
 
545 aa  252  1e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  29.71 
 
 
548 aa  218  2.9999999999999998e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 
538 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 
582 aa  145  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5686  putative transcriptional regulator  29.83 
 
 
427 aa  127  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146283  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  25.11 
 
 
433 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  26.34 
 
 
581 aa  103  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  25.68 
 
 
586 aa  103  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  26.05 
 
 
433 aa  99  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5813  putative transcriptional regulator  23.48 
 
 
564 aa  96.3  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457165 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  27.42 
 
 
456 aa  92.8  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  27.61 
 
 
448 aa  90.1  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  24.89 
 
 
446 aa  89.7  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  25 
 
 
687 aa  85.1  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  27.94 
 
 
606 aa  85.1  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  24.73 
 
 
456 aa  84  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  24.64 
 
 
448 aa  83.2  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  24.74 
 
 
412 aa  80.9  0.00000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  26.72 
 
 
423 aa  80.5  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  25.66 
 
 
483 aa  80.1  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3313  putative transcriptional regulator  33.55 
 
 
206 aa  79  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  29.02 
 
 
500 aa  79.3  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  22.15 
 
 
561 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  24.79 
 
 
478 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 
479 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  25.24 
 
 
422 aa  78.2  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  25.57 
 
 
468 aa  77.4  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  25.91 
 
 
423 aa  75.5  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  23.22 
 
 
455 aa  75.1  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2269  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 
556 aa  75.5  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.856074  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  23.42 
 
 
457 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2730  putative ATP-dependent DNA helicase  24.08 
 
 
552 aa  74.3  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  27.43 
 
 
226 aa  74.3  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0094  putative transcriptional regulator  22.43 
 
 
572 aa  73.9  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.130495  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 
494 aa  73.9  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  28.33 
 
 
459 aa  73.6  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  23.42 
 
 
430 aa  72.8  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  26.48 
 
 
423 aa  72.4  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  27.43 
 
 
469 aa  72  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  24.41 
 
 
499 aa  72.4  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0360  putative transcriptional regulator  24.51 
 
 
589 aa  71.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.280532 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  25 
 
 
611 aa  72  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3059  putative transcriptional regulator  25.62 
 
 
599 aa  71.6  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 
396 aa  71.6  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 
386 aa  71.2  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  25 
 
 
403 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  25 
 
 
403 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  23.71 
 
 
620 aa  70.9  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 
469 aa  70.5  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28080  predicted transcriptional regulator with HTH domain  26.67 
 
 
582 aa  70.1  0.00000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  27.42 
 
 
582 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  24.94 
 
 
498 aa  69.7  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 
481 aa  68.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  35.9 
 
 
484 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  25 
 
 
467 aa  69.3  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  24.6 
 
 
641 aa  68.6  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3662  putative transcriptional regulator  25.19 
 
 
554 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  24.58 
 
 
634 aa  68.2  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 
545 aa  67.8  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 
467 aa  67.4  0.0000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  30.66 
 
 
453 aa  67  0.0000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 
571 aa  65.5  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  25.46 
 
 
376 aa  65.5  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  23.32 
 
 
458 aa  63.9  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  20.83 
 
 
475 aa  63.9  0.000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  23.21 
 
 
311 aa  63.9  0.000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  26.42 
 
 
383 aa  63.9  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  23.97 
 
 
477 aa  62.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  23.56 
 
 
470 aa  61.2  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  25.42 
 
 
456 aa  60.8  0.00000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2241  putative transcriptional regulator  23.89 
 
 
441 aa  60.5  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  21.36 
 
 
322 aa  60.5  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  25.66 
 
 
402 aa  60.1  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0416  putative transcriptional regulator  20.88 
 
 
560 aa  58.9  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.563354  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  37.35 
 
 
394 aa  58.9  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  34 
 
 
488 aa  58.5  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  24.94 
 
 
515 aa  58.5  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 
394 aa  58.2  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  28.3 
 
 
198 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  30.84 
 
 
471 aa  57.8  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.48 
 
 
462 aa  57.8  0.0000006  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  21.79 
 
 
485 aa  57  0.0000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  22.93 
 
 
462 aa  56.6  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  21.29 
 
 
314 aa  56.2  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  22.61 
 
 
455 aa  56.6  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1271  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 
218 aa  55.5  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  21.58 
 
 
663 aa  55.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0004  putative transcriptional regulator  23.67 
 
 
568 aa  55.1  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  34.34 
 
 
479 aa  54.7  0.000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  26.04 
 
 
628 aa  54.7  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  28.7 
 
 
442 aa  55.1  0.000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  24.67 
 
 
374 aa  54.7  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  21.57 
 
 
463 aa  54.7  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  29.36 
 
 
480 aa  54.7  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  29.36 
 
 
480 aa  54.3  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  22.73 
 
 
485 aa  53.5  0.000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  23.71 
 
 
473 aa  53.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>