141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0889 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  86.55 
 
 		 412 aa  739    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 463 aa  950    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  41.71 
 
 		 477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  38.79 
 
 		 481 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  37.05 
 
 		 484 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 467 aa  230  5e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 		 469 aa  178  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  32.57 
 
 		 448 aa  177  4e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  29.87 
 
 		 433 aa  168  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  32.49 
 
 		 448 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  29.26 
 
 		 455 aa  160  7e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  30.49 
 
 		 456 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  26.41 
 
 		 456 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  52.29 
 
 		 198 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  25.34 
 
 		 462 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  26.62 
 
 		 433 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  27.79 
 
 		 457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  25.32 
 
 		 485 aa  110  7.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  25.34 
 
 		 469 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  25.94 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  25.94 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  24.49 
 
 		 455 aa  107  5e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  25.32 
 
 		 430 aa  105  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0787  hypothetical protein  85.71 
 
 		 63 aa  103  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 		 467 aa  103  9e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  24.1 
 
 		 468 aa  102  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 508 aa  101  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 494 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 		 500 aa  98.6  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 		 402 aa  98.6  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 334 aa  97.8  3e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  25.27 
 
 		 582 aa  97.4  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  28.51 
 
 		 526 aa  95.9  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  28.51 
 
 		 522 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  23.12 
 
 		 462 aa  95.1  3e-18  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 480 aa  94.4  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  26.39 
 
 		 480 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  27.8 
 
 		 276 aa  92  2e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.83 
 
 		 478 aa  92.4  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 459 aa  92  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  25.3 
 
 		 502 aa  91.3  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  23.65 
 
 		 471 aa  90.5  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  23.61 
 
 		 620 aa  89.4  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  25.42 
 
 		 391 aa  88.2  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  22.48 
 
 		 479 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  24.34 
 
 		 446 aa  87.4  5e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 561 aa  87  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  26.89 
 
 		 385 aa  86.7  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  26.84 
 
 		 634 aa  85.5  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  23.5 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  29.33 
 
 		 454 aa  85.1  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  25.38 
 
 		 382 aa  84  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 386 aa  83.6  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  23.33 
 
 		 389 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 606 aa  82.8  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 396 aa  81.3  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 		 412 aa  80.1  0.00000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  24.79 
 
 		 479 aa  79  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  24.63 
 
 		 571 aa  77  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  26.65 
 
 		 545 aa  77  0.0000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  25.5 
 
 		 423 aa  76.3  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  26.69 
 
 		 453 aa  76.3  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 		 581 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  23.68 
 
 		 548 aa  74.7  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  27.41 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  23.08 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 		 572 aa  70.9  0.00000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  26.68 
 
 		 538 aa  70.5  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  23.44 
 
 		 483 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  23.75 
 
 		 475 aa  70.1  0.00000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  23.21 
 
 		 556 aa  70.5  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 462 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  26.5 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  25.64 
 
 		 611 aa  68.2  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  22.75 
 
 		 483 aa  68.6  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  26.37 
 
 		 582 aa  66.2  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  24.8 
 
 		 456 aa  65.1  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  23.51 
 
 		 422 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5813  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 		 564 aa  63.9  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457165 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  31.5 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  26.24 
 
 		 641 aa  62.8  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1740  putative transcriptional regulator  27.22 
 
 		 230 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.952214  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4318  hypothetical protein  23.2 
 
 		 376 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598317  normal  0.713921 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  22.52 
 
 		 473 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 		 394 aa  62.8  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  22.58 
 
 		 442 aa  60.1  0.00000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  24.77 
 
 		 423 aa  60.1  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  23.69 
 
 		 663 aa  60.1  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  23.43 
 
 		 555 aa  59.3  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  24.94 
 
 		 472 aa  59.7  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  21.02 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  25.43 
 
 		 423 aa  56.6  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 402 aa  56.2  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  23.91 
 
 		 545 aa  56.2  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  22.89 
 
 		 509 aa  56.2  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  20.77 
 
 		 483 aa  55.8  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>