125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1142 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  79.91 
 
 		 448 aa  759    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 462 aa  939    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  36.54 
 
 		 483 aa  298  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  35.7 
 
 		 473 aa  279  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  35.42 
 
 		 472 aa  256  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  27.64 
 
 		 456 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  27.32 
 
 		 468 aa  126  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 479 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  28.07 
 
 		 459 aa  112  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 456 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  24.62 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  29.07 
 
 		 385 aa  100  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  26.16 
 
 		 561 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  25.06 
 
 		 386 aa  96.7  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 		 423 aa  95.5  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  26.7 
 
 		 423 aa  93.6  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  26.01 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 448 aa  91.3  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  24.12 
 
 		 582 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  25 
 
 		 470 aa  85.9  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  24.35 
 
 		 485 aa  85.9  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 433 aa  85.9  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  26.19 
 
 		 448 aa  85.5  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  26.22 
 
 		 382 aa  84.7  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  25.49 
 
 		 422 aa  84  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  27.22 
 
 		 402 aa  83.2  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  23.57 
 
 		 545 aa  82.8  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  23.1 
 
 		 412 aa  80.9  0.00000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  23.35 
 
 		 572 aa  79.3  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  24.27 
 
 		 413 aa  79.7  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 		 455 aa  78.6  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 455 aa  79  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  26.12 
 
 		 477 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.08 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  23.89 
 
 		 469 aa  77  0.0000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  24.38 
 
 		 478 aa  77.4  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 508 aa  76.6  0.0000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  30.37 
 
 		 500 aa  76.3  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  24.32 
 
 		 581 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  22.17 
 
 		 492 aa  76.3  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  25.29 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 		 402 aa  74.7  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  25.18 
 
 		 602 aa  74.3  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 		 571 aa  73.9  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 		 522 aa  73.6  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  26.47 
 
 		 526 aa  73.6  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  23.75 
 
 		 412 aa  72  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 		 463 aa  72  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  24.06 
 
 		 494 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 		 620 aa  71.2  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  23.55 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  23.55 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  24.92 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  22.56 
 
 		 480 aa  70.1  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  22.56 
 
 		 480 aa  70.1  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  26.88 
 
 		 502 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  23.6 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  24.59 
 
 		 555 aa  67.8  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  22.41 
 
 		 472 aa  67.8  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 		 556 aa  67.4  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  23.9 
 
 		 456 aa  67  0.0000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  23.16 
 
 		 471 aa  66.2  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  25.21 
 
 		 334 aa  66.6  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  24.75 
 
 		 484 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  27.13 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  23.26 
 
 		 582 aa  65.1  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  27.23 
 
 		 457 aa  65.1  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4368  putative transcriptional regulator  29.95 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  23.09 
 
 		 478 aa  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  22.16 
 
 		 462 aa  63.9  0.000000006  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  24.5 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  25.31 
 
 		 376 aa  62.4  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  23.94 
 
 		 483 aa  63.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 		 412 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  22.09 
 
 		 611 aa  62.8  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7034  hypothetical cytosolic protein  24.09 
 
 		 484 aa  62  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  47.17 
 
 		 311 aa  62  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  32.56 
 
 		 469 aa  62  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  22.53 
 
 		 478 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  28.35 
 
 		 394 aa  60.5  0.00000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  26.06 
 
 		 509 aa  60.1  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  22.87 
 
 		 586 aa  60.1  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  23.79 
 
 		 641 aa  59.7  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  25.36 
 
 		 454 aa  59.7  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  23.32 
 
 		 479 aa  58.5  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  23.11 
 
 		 663 aa  58.9  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  25.34 
 
 		 538 aa  58.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0136  transcription regulator  34.48 
 
 		 170 aa  57.8  0.0000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0628959  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  22.05 
 
 		 446 aa  57.4  0.0000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 453 aa  57  0.0000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  24.01 
 
 		 467 aa  57  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  22.3 
 
 		 478 aa  56.6  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  22.52 
 
 		 383 aa  56.2  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  22.3 
 
 		 481 aa  55.8  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 467 aa  55.5  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  32.23 
 
 		 1492 aa  55.1  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  30.43 
 
 		 276 aa  55.1  0.000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 619 aa  53.5  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>