138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2890 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 389 aa  790    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  46.42 
 
 		 374 aa  370  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0631  ATPase central domain-containing protein  40.48 
 
 		 377 aa  261  2e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0617  ATPase central domain-containing protein  39.95 
 
 		 377 aa  258  1e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  26.22 
 
 		 396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 		 386 aa  119  7.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 480 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 		 471 aa  106  9e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 480 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  26.29 
 
 		 494 aa  97.1  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.58 
 
 		 462 aa  90.5  4e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  25.39 
 
 		 455 aa  90.5  5e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 469 aa  89  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  26.52 
 
 		 385 aa  88.2  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  26.41 
 
 		 402 aa  88.2  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  24.4 
 
 		 485 aa  87.4  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  27.19 
 
 		 412 aa  87  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  25.32 
 
 		 620 aa  87  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 412 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1824  putative transcriptional regulator  36.42 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  25.16 
 
 		 403 aa  83.2  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  25.16 
 
 		 403 aa  83.2  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  23.33 
 
 		 463 aa  83.2  0.000000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  24.5 
 
 		 391 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  27.87 
 
 		 492 aa  81.3  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  25.19 
 
 		 456 aa  80.5  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  24.69 
 
 		 478 aa  79.3  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  26.84 
 
 		 433 aa  79  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  23.3 
 
 		 423 aa  78.6  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  24 
 
 		 382 aa  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 572 aa  76.3  0.0000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 		 468 aa  76.3  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  24.59 
 
 		 555 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 433 aa  75.1  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  26.38 
 
 		 545 aa  74.7  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 430 aa  74.3  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  22.92 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 		 478 aa  73.2  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  23.78 
 
 		 423 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  27.5 
 
 		 519 aa  72  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  24.28 
 
 		 515 aa  70.9  0.00000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  25.2 
 
 		 456 aa  70.1  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  24.06 
 
 		 413 aa  70.1  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  25.31 
 
 		 448 aa  70.1  0.00000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  25.3 
 
 		 473 aa  69.7  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  25.8 
 
 		 479 aa  69.3  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  27.87 
 
 		 454 aa  68.6  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 462 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  24.57 
 
 		 448 aa  68.2  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  25.08 
 
 		 634 aa  67.8  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  25.82 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  25.71 
 
 		 422 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  26.55 
 
 		 455 aa  67.8  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  24.4 
 
 		 663 aa  67  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  23.36 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  24.76 
 
 		 467 aa  67  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 687 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 		 483 aa  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  24.3 
 
 		 622 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  23.05 
 
 		 423 aa  65.1  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  24.85 
 
 		 606 aa  65.5  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  24.12 
 
 		 561 aa  64.7  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4294  putative transcriptional regulator  29.75 
 
 		 300 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  24.67 
 
 		 394 aa  64.3  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  22.65 
 
 		 602 aa  64.3  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 481 aa  63.5  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  26.08 
 
 		 448 aa  63.2  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  24.09 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  24.57 
 
 		 479 aa  61.2  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  26.22 
 
 		 472 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  23.48 
 
 		 484 aa  60.5  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  22.84 
 
 		 477 aa  60.1  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  24.76 
 
 		 509 aa  59.7  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  24.09 
 
 		 571 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  24.18 
 
 		 383 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  22.68 
 
 		 469 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  24.63 
 
 		 548 aa  57.8  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0830  putative transcriptional regulator  30.71 
 
 		 478 aa  57.4  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.702449 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7034  hypothetical cytosolic protein  23.6 
 
 		 484 aa  56.6  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 		 478 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  22.81 
 
 		 376 aa  56.2  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  23.66 
 
 		 556 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 500 aa  54.7  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  24.05 
 
 		 545 aa  55.1  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2716  putative transcriptional regulator  25.79 
 
 		 1123 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.000820476  normal  0.236594 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  20.89 
 
 		 457 aa  54.3  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  25.46 
 
 		 472 aa  54.3  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  22.16 
 
 		 582 aa  53.9  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  25.49 
 
 		 619 aa  54.3  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 		 459 aa  53.9  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2084  divergent AAA region  30.17 
 
 		 135 aa  53.5  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.497784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5429  putative transcriptional regulator  28.97 
 
 		 401 aa  53.1  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  24.53 
 
 		 446 aa  53.1  0.000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 		 611 aa  53.1  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3526  putative transcriptional regulator  25.74 
 
 		 459 aa  52.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  25.62 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  22.99 
 
 		 478 aa  50.8  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1641  AAA-4 family protein  30.22 
 
 		 773 aa  50.8  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.49775  hitchhiker  0.0026953 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  25.43 
 
 		 358 aa  50.4  0.00005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>