131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4113 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 457 aa  937    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  31.02 
 
 		 462 aa  204  3e-51  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  28.81 
 
 		 467 aa  172  9e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  28.7 
 
 		 446 aa  167  4e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 		 433 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  28.82 
 
 		 469 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  27.33 
 
 		 448 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  30.21 
 
 		 383 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 		 455 aa  137  3.0000000000000003e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 		 448 aa  137  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  36.36 
 
 		 526 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 522 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  28.2 
 
 		 494 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  29.69 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 		 508 aa  125  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  27.83 
 
 		 454 aa  124  4e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  25.8 
 
 		 456 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  27.48 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  30.4 
 
 		 480 aa  117  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  25.74 
 
 		 386 aa  114  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 		 480 aa  113  8.000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 500 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  27.79 
 
 		 463 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  29.1 
 
 		 469 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  28.12 
 
 		 462 aa  110  5e-23  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 		 456 aa  109  8.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  31.53 
 
 		 502 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  29.05 
 
 		 479 aa  108  1e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  24.31 
 
 		 475 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 471 aa  108  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  26.25 
 
 		 396 aa  108  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 477 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  26.97 
 
 		 412 aa  103  5e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  25.06 
 
 		 459 aa  103  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  23.93 
 
 		 481 aa  101  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2123  putative transcriptional regulator  37.58 
 
 		 157 aa  101  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  24.8 
 
 		 468 aa  99.8  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 		 394 aa  99.4  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  26.38 
 
 		 430 aa  99  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 479 aa  97.4  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  24.17 
 
 		 433 aa  96.7  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  29.84 
 
 		 276 aa  96.7  9e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  27.41 
 
 		 423 aa  94.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  24.79 
 
 		 394 aa  94.7  3e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 		 334 aa  94.7  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 620 aa  94  5e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  25.88 
 
 		 442 aa  91.7  2e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  23.92 
 
 		 484 aa  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  27.56 
 
 		 467 aa  91.7  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  27.81 
 
 		 382 aa  90.5  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 423 aa  90.9  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  22.76 
 
 		 571 aa  90.1  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  24.32 
 
 		 422 aa  88.6  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  24.3 
 
 		 403 aa  89  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  24.3 
 
 		 403 aa  89  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  23.5 
 
 		 478 aa  88.6  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  23.9 
 
 		 504 aa  87.8  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  27.65 
 
 		 299 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  20.95 
 
 		 492 aa  86.3  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  24.72 
 
 		 423 aa  82.4  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  25.14 
 
 		 545 aa  82  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  22.03 
 
 		 582 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  23.9 
 
 		 402 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  24.51 
 
 		 561 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  23.83 
 
 		 478 aa  80.1  0.00000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  25.22 
 
 		 391 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  23.08 
 
 		 478 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  24.02 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  22.57 
 
 		 572 aa  75.5  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  25.22 
 
 		 453 aa  74.3  0.000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  23.42 
 
 		 551 aa  74.3  0.000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  36.04 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  23.29 
 
 		 548 aa  73.2  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  23.79 
 
 		 556 aa  72.8  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  24.5 
 
 		 581 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  34.45 
 
 		 582 aa  71.6  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  24.66 
 
 		 462 aa  72  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  26.05 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  24.45 
 
 		 475 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  28.43 
 
 		 555 aa  70.5  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  25.78 
 
 		 538 aa  69.3  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  22.47 
 
 		 402 aa  69.7  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  37.25 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  23.53 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5686  putative transcriptional regulator  29.82 
 
 		 427 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  23.23 
 
 		 545 aa  66.2  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  22.97 
 
 		 634 aa  65.5  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  34.81 
 
 		 472 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1856  Fis family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  27.23 
 
 		 462 aa  65.1  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  37.23 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2641  Fic family protein  38.24 
 
 		 328 aa  62.8  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000103829  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  30.56 
 
 		 198 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  23.32 
 
 		 509 aa  62.4  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 687 aa  60.8  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  24.44 
 
 		 483 aa  61.2  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  21.39 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>