169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1428 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 620 aa  1273    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  35.2 
 
 		 469 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  41.09 
 
 		 235 aa  177  4e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 		 494 aa  150  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 480 aa  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 471 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 480 aa  137  7.000000000000001e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  29.62 
 
 		 485 aa  137  7.000000000000001e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  30.28 
 
 		 526 aa  133  9e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 		 522 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 456 aa  125  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  30.52 
 
 		 448 aa  123  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  29.72 
 
 		 468 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  28.47 
 
 		 455 aa  119  1.9999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 606 aa  118  3e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  27.95 
 
 		 572 aa  117  5e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  27.49 
 
 		 376 aa  117  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  31.09 
 
 		 448 aa  117  7.999999999999999e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 433 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  26.1 
 
 		 687 aa  114  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  27.75 
 
 		 467 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  41.54 
 
 		 226 aa  110  6e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 462 aa  110  7.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 479 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  25.49 
 
 		 477 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 455 aa  107  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  25.67 
 
 		 481 aa  105  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 		 446 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  24.37 
 
 		 519 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 		 467 aa  104  4e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 386 aa  104  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  26.49 
 
 		 433 aa  104  5e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  25.4 
 
 		 412 aa  104  6e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 508 aa  103  8e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  27.53 
 
 		 382 aa  103  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  26.78 
 
 		 396 aa  102  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  25.99 
 
 		 412 aa  101  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 		 391 aa  100  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 478 aa  100  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  27.32 
 
 		 403 aa  99  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  27.87 
 
 		 385 aa  99  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 571 aa  99.4  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  27.32 
 
 		 403 aa  99  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  29.46 
 
 		 422 aa  99  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 		 402 aa  98.2  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  24.61 
 
 		 561 aa  98.2  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.07 
 
 		 462 aa  97.8  5e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  26.29 
 
 		 582 aa  97.4  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 456 aa  95.9  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  26.08 
 
 		 479 aa  95.5  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  27.81 
 
 		 423 aa  95.5  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 556 aa  94.4  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  25.07 
 
 		 442 aa  94.7  5e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  25.39 
 
 		 475 aa  94  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 457 aa  93.2  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 		 459 aa  92.4  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 		 628 aa  91.7  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  27.93 
 
 		 423 aa  90.9  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 469 aa  89.4  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  23.61 
 
 		 463 aa  89.4  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 374 aa  89.4  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  27.66 
 
 		 502 aa  88.2  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  26.73 
 
 		 334 aa  88.2  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  24.74 
 
 		 484 aa  87.8  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  23.54 
 
 		 620 aa  87.4  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  23.54 
 
 		 620 aa  87.4  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  27.47 
 
 		 394 aa  87.4  7e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.29 
 
 		 394 aa  87.4  7e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  26.87 
 
 		 634 aa  86.3  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  25.32 
 
 		 389 aa  87  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  26.65 
 
 		 611 aa  86.3  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  22.82 
 
 		 413 aa  85.9  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 311 aa  83.2  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  25.99 
 
 		 548 aa  82.4  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  31.15 
 
 		 1492 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  25.88 
 
 		 454 aa  82  0.00000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  24.17 
 
 		 412 aa  82  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  23.27 
 
 		 475 aa  81.3  0.00000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 		 545 aa  80.9  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  23.99 
 
 		 499 aa  79.7  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  24.15 
 
 		 509 aa  79  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 423 aa  79  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  23.13 
 
 		 483 aa  78.6  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5703  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.643382 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  25 
 
 		 453 aa  77.8  0.0000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  29.88 
 
 		 500 aa  77.4  0.0000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  22.67 
 
 		 586 aa  76.6  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1271  putative transcriptional regulator  34.35 
 
 		 218 aa  76.3  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  25.63 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2157  AAA-4 family protein  35.38 
 
 		 207 aa  75.1  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475743  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  25.18 
 
 		 545 aa  73.9  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  25.43 
 
 		 470 aa  73.9  0.000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  26.3 
 
 		 430 aa  73.6  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  23.65 
 
 		 456 aa  73.6  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 492 aa  72.8  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 209 aa  72.8  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  29.89 
 
 		 358 aa  72  0.00000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  28.57 
 
 		 205 aa  70.9  0.00000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  21.05 
 
 		 462 aa  71.2  0.00000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1151  putative transcriptional regulator  30.94 
 
 		 163 aa  70.9  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.796033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>