112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1179 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  100 
 
 
620 aa  1267    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  100 
 
 
620 aa  1267    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  30.35 
 
 
475 aa  189  1e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 
515 aa  167  4e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  28 
 
 
622 aa  150  7e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  31.22 
 
 
504 aa  146  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  27.02 
 
 
663 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5660  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 
643 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449739  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  24.75 
 
 
606 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  24.69 
 
 
634 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  25 
 
 
687 aa  126  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0048  putative transcriptional regulator  25.99 
 
 
656 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0052  putative transcriptional regulator  25.99 
 
 
656 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0904  divergent AAA domain protein  25.85 
 
 
543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 
611 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  24 
 
 
571 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  25.32 
 
 
628 aa  103  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 
641 aa  97.4  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  22.31 
 
 
619 aa  96.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  25.11 
 
 
582 aa  94  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  28.12 
 
 
602 aa  91.3  4e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  23.54 
 
 
620 aa  87.4  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 
433 aa  87.4  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 
572 aa  84  0.000000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  25.82 
 
 
483 aa  76.6  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 
556 aa  73.6  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 
386 aa  72  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  24.38 
 
 
396 aa  71.6  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  26.95 
 
 
492 aa  71.6  0.00000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  23.7 
 
 
499 aa  70.5  0.00000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 
471 aa  70.1  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  23.97 
 
 
485 aa  70.1  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3244  putative transcriptional regulator  32 
 
 
163 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  30.16 
 
 
314 aa  68.6  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  23.3 
 
 
469 aa  68.2  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  30.16 
 
 
322 aa  68.2  0.0000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  28.29 
 
 
582 aa  67.8  0.0000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  22.83 
 
 
485 aa  67.8  0.0000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  25.38 
 
 
456 aa  67  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  25.72 
 
 
494 aa  66.2  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  25.71 
 
 
448 aa  65.5  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0363  divergent AAA ATPase  42.39 
 
 
95 aa  65.1  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  23.43 
 
 
433 aa  65.1  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  23.47 
 
 
480 aa  64.7  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0395  divergent AAA region  26.43 
 
 
167 aa  64.3  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  24.3 
 
 
480 aa  64.3  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0367  divergent AAA region  25.69 
 
 
167 aa  62  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  22.14 
 
 
446 aa  61.6  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  25.29 
 
 
334 aa  60.8  0.00000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  25.67 
 
 
468 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  23.37 
 
 
467 aa  59.3  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 
483 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3577  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 
167 aa  58.2  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535476  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3392  putative transcriptional regulator  20.48 
 
 
460 aa  58.5  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4084  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 
167 aa  58.2  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00450512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 
483 aa  57.8  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4303  hypothetical protein  24.03 
 
 
167 aa  56.6  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  21.68 
 
 
413 aa  56.6  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 
412 aa  56.2  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 
488 aa  56.2  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  25 
 
 
498 aa  55.8  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0397  putative transcriptional regulator  25 
 
 
167 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  25.86 
 
 
483 aa  55.1  0.000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  47.17 
 
 
477 aa  55.1  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  34.83 
 
 
509 aa  55.1  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  23.33 
 
 
226 aa  54.7  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  24.16 
 
 
455 aa  54.7  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  25.26 
 
 
555 aa  53.9  0.000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 
458 aa  53.9  0.000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0449  putative transcriptional regulator  24.82 
 
 
171 aa  53.5  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  22.55 
 
 
442 aa  53.5  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3990  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 
167 aa  53.5  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3968  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 
167 aa  53.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.553588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3891  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 
167 aa  53.5  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390825 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  25.14 
 
 
423 aa  52.8  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  24.48 
 
 
472 aa  52.8  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  24.06 
 
 
479 aa  52.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  22.63 
 
 
478 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  22.7 
 
 
470 aa  52.8  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  34.21 
 
 
478 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  21.83 
 
 
478 aa  52  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3628  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 
167 aa  52  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000786438  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  23.58 
 
 
448 aa  52.4  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0396  putative transcriptional regulator  24.31 
 
 
167 aa  51.6  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00892545  normal  0.277026 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  22.08 
 
 
545 aa  51.2  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  24.03 
 
 
479 aa  50.8  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  23.74 
 
 
412 aa  50.4  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0641  putative transcriptional regulator  32.47 
 
 
207 aa  50.1  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  21.16 
 
 
462 aa  49.7  0.0001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  37.29 
 
 
205 aa  49.3  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  20.55 
 
 
455 aa  49.3  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  23.77 
 
 
478 aa  49.7  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1108  hypothetical protein  40.38 
 
 
122 aa  48.9  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.617491  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  22.08 
 
 
462 aa  48.5  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7034  hypothetical cytosolic protein  31.58 
 
 
484 aa  48.9  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 
502 aa  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 
508 aa  48.5  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  25.79 
 
 
551 aa  47.8  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2244  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 
82 aa  47.4  0.0009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0416  filamentation induced by cAMP protein Fic  42.86 
 
 
336 aa  45.8  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>