153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0868 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  100 
 
 
454 aa  921    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  54.26 
 
 
382 aa  411  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  54.11 
 
 
391 aa  402  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  44.27 
 
 
402 aa  330  3e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  40.51 
 
 
385 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  38.06 
 
 
396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  37.71 
 
 
299 aa  204  3e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  36.54 
 
 
386 aa  204  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  30 
 
 
413 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  28.39 
 
 
412 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  28.12 
 
 
412 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 
403 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  30.3 
 
 
403 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  30.62 
 
 
455 aa  140  6e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  28.9 
 
 
433 aa  140  6e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  29.48 
 
 
471 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 
448 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  26.52 
 
 
462 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  26.82 
 
 
480 aa  127  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  27.48 
 
 
457 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 
494 aa  127  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  26.12 
 
 
480 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  31.41 
 
 
448 aa  123  8e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  26.78 
 
 
446 aa  121  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  30.29 
 
 
311 aa  117  5e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 
423 aa  117  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  24.71 
 
 
469 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  25.56 
 
 
475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  29.77 
 
 
456 aa  111  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 
423 aa  110  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  29.13 
 
 
485 aa  110  6e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  24.95 
 
 
442 aa  109  1e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1275  putative transcriptional regulator  44.85 
 
 
124 aa  104  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  24.95 
 
 
469 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  28.31 
 
 
383 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  25.4 
 
 
430 aa  103  9e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  28.46 
 
 
423 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  27.7 
 
 
477 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  22.48 
 
 
462 aa  100  5e-20  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  28.41 
 
 
422 aa  99.8  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  30.21 
 
 
467 aa  98.2  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  27.81 
 
 
412 aa  97.4  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  26.77 
 
 
468 aa  97.1  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  26.84 
 
 
481 aa  95.9  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  27.16 
 
 
276 aa  96.3  1e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  25.88 
 
 
620 aa  96.3  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  26.05 
 
 
545 aa  93.6  7e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  25.22 
 
 
572 aa  92  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  23.98 
 
 
433 aa  92  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  27.98 
 
 
456 aa  92.4  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  25.92 
 
 
504 aa  91.3  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  27.92 
 
 
463 aa  90.1  7e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  25.23 
 
 
473 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 
484 aa  87.8  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 
479 aa  87  6e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  29.93 
 
 
522 aa  86.7  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  29.9 
 
 
526 aa  86.7  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  27.3 
 
 
548 aa  85.5  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  27.15 
 
 
508 aa  84  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  25.82 
 
 
334 aa  82.4  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  26.27 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  23.76 
 
 
453 aa  82.4  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  27.32 
 
 
561 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  26.43 
 
 
467 aa  81.6  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 
456 aa  81.6  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  29.15 
 
 
459 aa  80.9  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2157  AAA-4 family protein  37.39 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475743  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  26.34 
 
 
389 aa  78.2  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 
545 aa  77  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  25.33 
 
 
479 aa  76.3  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  23.81 
 
 
582 aa  75.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.27 
 
 
394 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1271  putative transcriptional regulator  40.18 
 
 
218 aa  74.7  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  24.09 
 
 
492 aa  74.7  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
606 aa  74.3  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  24.74 
 
 
462 aa  73.6  0.000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  25.37 
 
 
462 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 
500 aa  72.4  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  26.68 
 
 
402 aa  72.8  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  24.8 
 
 
556 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  23.12 
 
 
455 aa  72  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 
502 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  25 
 
 
475 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2295  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 
208 aa  71.6  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.619518  hitchhiker  0.00086981 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  26.76 
 
 
394 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 
483 aa  70.9  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  32.67 
 
 
358 aa  69.7  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  24.52 
 
 
448 aa  68.6  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  26.17 
 
 
483 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  36.54 
 
 
235 aa  67.4  0.0000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1856  Fis family transcriptional regulator  41.33 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 
538 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  26.97 
 
 
472 aa  67  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 
663 aa  66.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  36.67 
 
 
226 aa  66.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  26.34 
 
 
498 aa  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 
582 aa  65.5  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1740  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 
230 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.952214  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  25.77 
 
 
509 aa  65.1  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  25 
 
 
499 aa  65.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>