161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1735 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  100 
 
 
396 aa  802    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  77.46 
 
 
386 aa  621  1e-177  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  36.91 
 
 
382 aa  219  5e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  35.73 
 
 
385 aa  212  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  38.06 
 
 
454 aa  204  3e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  33.58 
 
 
391 aa  199  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  33.76 
 
 
402 aa  195  1e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  31.46 
 
 
469 aa  169  7e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 
485 aa  169  8e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  35.9 
 
 
299 aa  162  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  29.56 
 
 
480 aa  160  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  29.26 
 
 
480 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  29.28 
 
 
471 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  32.54 
 
 
403 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  32.54 
 
 
403 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  30.2 
 
 
433 aa  150  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  28.91 
 
 
494 aa  142  9e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  30.63 
 
 
412 aa  137  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  31.3 
 
 
448 aa  137  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 
394 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  31.96 
 
 
423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  26.22 
 
 
389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  30.87 
 
 
468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  30.91 
 
 
456 aa  129  8.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  27.25 
 
 
455 aa  127  3e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  25.14 
 
 
455 aa  126  6e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 
522 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  29.38 
 
 
526 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  28.5 
 
 
412 aa  124  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 
422 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  31.79 
 
 
479 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  28.61 
 
 
413 aa  124  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 
448 aa  124  3e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  30.41 
 
 
571 aa  123  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  26.93 
 
 
374 aa  123  6e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  29.76 
 
 
475 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 
394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  27.89 
 
 
376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  26.18 
 
 
457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  29.83 
 
 
402 aa  117  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  30.47 
 
 
508 aa  113  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 
433 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 
430 aa  113  8.000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  28.08 
 
 
423 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  27.32 
 
 
469 aa  109  7.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 
620 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  28.49 
 
 
545 aa  109  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  27.49 
 
 
572 aa  108  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 
477 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  30.2 
 
 
492 aa  106  6e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  25.62 
 
 
446 aa  106  9e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  24.57 
 
 
462 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  28.75 
 
 
582 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  30.45 
 
 
500 aa  104  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  27.6 
 
 
548 aa  104  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  27.04 
 
 
606 aa  103  7e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 
334 aa  102  8e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  27.94 
 
 
467 aa  102  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  28.14 
 
 
456 aa  101  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  25.94 
 
 
561 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  27.6 
 
 
502 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  28.44 
 
 
459 aa  100  6e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  29.89 
 
 
467 aa  99.8  7e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  25.32 
 
 
448 aa  99.8  8e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  25.49 
 
 
687 aa  98.6  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.36 
 
 
462 aa  97.4  4e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  25.98 
 
 
634 aa  96.3  8e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  25.36 
 
 
481 aa  95.5  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  27.68 
 
 
641 aa  95.5  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  27.67 
 
 
463 aa  94.7  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 
611 aa  94  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  27.45 
 
 
478 aa  92.8  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  24.46 
 
 
555 aa  90.9  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  26.77 
 
 
556 aa  91.3  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  26.16 
 
 
628 aa  88.2  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 
412 aa  88.6  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  27.22 
 
 
602 aa  87.4  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  26.52 
 
 
383 aa  87.4  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  42.45 
 
 
226 aa  86.7  7e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  22.29 
 
 
483 aa  85.1  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  29.17 
 
 
456 aa  85.5  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 
581 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 
473 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0052  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 
656 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  24.43 
 
 
462 aa  82.4  0.00000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  34.4 
 
 
311 aa  82.8  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0048  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 
656 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 
619 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  26.01 
 
 
442 aa  82  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  33.06 
 
 
509 aa  81.6  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  27.95 
 
 
622 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  24.54 
 
 
485 aa  80.9  0.00000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  27.24 
 
 
1492 aa  80.5  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  26.48 
 
 
472 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  25.31 
 
 
663 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 
504 aa  78.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 
663 aa  78.2  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  26.02 
 
 
483 aa  77.4  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  24.45 
 
 
519 aa  77  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>