140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0785 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  100 
 
 
412 aa  843    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  86.55 
 
 
463 aa  739    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  40.68 
 
 
477 aa  297  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  38.01 
 
 
481 aa  269  7e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  37.82 
 
 
484 aa  261  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  36.06 
 
 
467 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
469 aa  171  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  28.69 
 
 
455 aa  145  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 
433 aa  142  8e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  31.11 
 
 
448 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  28.61 
 
 
448 aa  137  5e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  25.72 
 
 
462 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  30.1 
 
 
456 aa  117  5e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  50.46 
 
 
198 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
469 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  25.36 
 
 
485 aa  107  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  26.6 
 
 
403 aa  106  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  25.71 
 
 
456 aa  106  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  26.6 
 
 
403 aa  106  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 
457 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 
402 aa  103  5e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 
494 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  26.48 
 
 
433 aa  99.4  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  26.76 
 
 
467 aa  96.7  7e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  24.6 
 
 
455 aa  95.5  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  25.47 
 
 
471 aa  95.1  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 
508 aa  95.5  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
480 aa  94.4  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 
430 aa  93.6  5e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  27.22 
 
 
382 aa  92.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  26.43 
 
 
480 aa  92.8  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 
334 aa  92.8  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 
391 aa  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  24.94 
 
 
468 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  27.56 
 
 
454 aa  88.2  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 
478 aa  88.2  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  28.83 
 
 
526 aa  87  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 
522 aa  87  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  23.51 
 
 
462 aa  87  6e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  32.65 
 
 
276 aa  86.3  8e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  23.96 
 
 
446 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  25.62 
 
 
479 aa  85.5  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  26.57 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  28.46 
 
 
606 aa  83.6  0.000000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  24.56 
 
 
582 aa  83.2  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  25.49 
 
 
412 aa  83.2  0.000000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  24.17 
 
 
620 aa  82  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  27.96 
 
 
502 aa  79.7  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  25.63 
 
 
456 aa  78.6  0.0000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 
386 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 
500 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  24.29 
 
 
376 aa  77  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  25.63 
 
 
561 aa  77  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  23.56 
 
 
479 aa  76.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 
545 aa  75.1  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  22.92 
 
 
389 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  27.91 
 
 
396 aa  73.2  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  26.62 
 
 
634 aa  73.2  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  23.97 
 
 
548 aa  72.4  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  25.75 
 
 
556 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  27.45 
 
 
571 aa  70.9  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  32.79 
 
 
226 aa  70.9  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  23.65 
 
 
475 aa  69.3  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  24.01 
 
 
394 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 
572 aa  68.6  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  22.69 
 
 
473 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  27.92 
 
 
299 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  22.26 
 
 
459 aa  65.1  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  27.14 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  25.44 
 
 
472 aa  64.7  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  29.12 
 
 
311 aa  64.3  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  26.35 
 
 
663 aa  64.3  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  25.85 
 
 
581 aa  63.9  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 
422 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2295  putative transcriptional regulator  32.73 
 
 
208 aa  63.2  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.619518  hitchhiker  0.00086981 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5813  putative transcriptional regulator  25.53 
 
 
564 aa  63.2  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457165 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  34.21 
 
 
235 aa  62.8  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  27.82 
 
 
582 aa  62.8  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 
462 aa  62.4  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1271  putative transcriptional regulator  38.61 
 
 
218 aa  62  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  22.06 
 
 
483 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 
538 aa  61.6  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  24.34 
 
 
483 aa  60.8  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1740  putative transcriptional regulator  25.61 
 
 
230 aa  60.5  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.952214  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1587  putative transcriptional regulator  29.81 
 
 
225 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4318  hypothetical protein  23.8 
 
 
376 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598317  normal  0.713921 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1509  putative transcriptional regulator  30 
 
 
223 aa  59.7  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.452011  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 
394 aa  58.9  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  23.2 
 
 
499 aa  59.3  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  26.59 
 
 
423 aa  58.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0967  putative transcriptional regulator  29.81 
 
 
241 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  29 
 
 
209 aa  58.2  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  24.81 
 
 
423 aa  57.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7034  hypothetical cytosolic protein  24.85 
 
 
484 aa  57.8  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  23.59 
 
 
383 aa  57.4  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  26.55 
 
 
478 aa  57  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5330  putative transcriptional regulator  38.37 
 
 
313 aa  57  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  23.3 
 
 
442 aa  56.6  0.0000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 
412 aa  55.1  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1398  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 
160 aa  54.7  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.809172 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>