84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0215 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  417  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2295  putative transcriptional regulator  43.33 
 
 		 208 aa  179  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.619518  hitchhiker  0.00086981 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2157  AAA-4 family protein  36.27 
 
 		 207 aa  119  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475743  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1271  putative transcriptional regulator  36.23 
 
 		 218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0967  putative transcriptional regulator  36.65 
 
 		 241 aa  100  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1509  putative transcriptional regulator  33.81 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.452011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1398  putative transcriptional regulator  45.87 
 
 		 160 aa  92  5e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.809172 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1587  putative transcriptional regulator  32.21 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1740  putative transcriptional regulator  33.97 
 
 		 230 aa  88.2  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.952214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5703  putative transcriptional regulator  32.26 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.643382 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 620 aa  72.8  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  34.96 
 
 		 433 aa  70.1  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 		 412 aa  70.5  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  33.09 
 
 		 469 aa  68.6  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3980  putative transcriptional regulator  31.77 
 
 		 217 aa  67  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00414076  normal  0.398554 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  37.14 
 
 		 402 aa  65.9  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  30.19 
 
 		 485 aa  64.3  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 455 aa  64.3  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  35.64 
 
 		 556 aa  62.4  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 		 498 aa  60.8  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  31.93 
 
 		 484 aa  61.2  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  37 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  29.51 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  32.67 
 
 		 548 aa  60.1  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 499 aa  59.3  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  32.04 
 
 		 545 aa  58.5  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 463 aa  57.4  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  29 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 		 494 aa  57  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0344  AAA-4 family protein  31.25 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 396 aa  55.8  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  32.11 
 
 		 391 aa  54.3  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0527  hypothetical protein  31.3 
 
 		 429 aa  53.9  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.743194 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 481 aa  54.7  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  30.28 
 
 		 382 aa  53.5  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  32.03 
 
 		 483 aa  53.5  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  28.32 
 
 		 386 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0336  hypothetical protein  26.97 
 
 		 705 aa  53.1  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3209  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 		 1687 aa  52.4  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000587168 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  35.96 
 
 		 455 aa  51.6  0.000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 		 477 aa  50.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  30.61 
 
 		 555 aa  51.2  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  23.93 
 
 		 467 aa  51.2  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 		 485 aa  50.8  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  29.7 
 
 		 385 aa  50.4  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 480 aa  49.7  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 480 aa  49.7  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0157  AAA ATPase  31.39 
 
 		 382 aa  49.7  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  30.61 
 
 		 471 aa  49.3  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 462 aa  48.5  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  41.82 
 
 		 448 aa  47.8  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  29.36 
 
 		 586 aa  47.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  32.33 
 
 		 403 aa  47.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  32.33 
 
 		 403 aa  47.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0557  putative transcriptional regulator  30.47 
 
 		 360 aa  47  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  31.63 
 
 		 479 aa  46.6  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3084  hypothetical protein  27.61 
 
 		 778 aa  47.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108127 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3313  putative transcriptional regulator  32.38 
 
 		 206 aa  46.2  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0553  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 489 aa  46.2  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1081  putative transcriptional regulator  30.49 
 
 		 492 aa  46.2  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 		 475 aa  46.6  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3033  hypothetical protein  30.53 
 
 		 756 aa  46.6  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3359  divergent AAA region  35.29 
 
 		 348 aa  46.2  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 448 aa  45.8  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 551 aa  45.8  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0631  ATPase central domain-containing protein  31.58 
 
 		 377 aa  45.8  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0617  ATPase central domain-containing protein  31.58 
 
 		 377 aa  45.4  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2947  hypothetical protein  29 
 
 		 356 aa  45.1  0.0007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000155126  hitchhiker  0.00244258 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  30.69 
 
 		 456 aa  45.1  0.0008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  27.19 
 
 		 457 aa  44.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  28.35 
 
 		 469 aa  43.5  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 473 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1646  AAA-4 family protein  25.78 
 
 		 770 aa  43.9  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 602 aa  43.5  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3426  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 438 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  23.85 
 
 		 462 aa  43.1  0.003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 454 aa  42.7  0.004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02080  hypothetical protein  25.97 
 
 		 764 aa  42  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.701469  normal  0.633703 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 467 aa  42  0.007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0287  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 632 aa  42  0.007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.00361715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  42 
 
 		 458 aa  41.6  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1143  hypothetical protein  28.79 
 
 		 277 aa  41.6  0.009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.046118  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2313  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 417 aa  41.6  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.584099  normal  0.468663 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>