116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4927 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  100 
 
 
198 aa  407  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  62.89 
 
 
477 aa  255  3e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  61 
 
 
484 aa  236  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  50.76 
 
 
481 aa  207  1e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  41.12 
 
 
478 aa  135  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  36.71 
 
 
508 aa  126  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  52.29 
 
 
463 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  50.46 
 
 
412 aa  115  3e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  35.35 
 
 
502 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  35.68 
 
 
471 aa  111  8.000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
480 aa  103  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
480 aa  103  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  35.9 
 
 
467 aa  103  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0416  filamentation induced by cAMP protein Fic  53.85 
 
 
336 aa  91.3  9e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3863  filamentation induced by cAMP protein Fic  43.1 
 
 
334 aa  90.5  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0343511 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 
448 aa  90.5  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  31.11 
 
 
522 aa  83.2  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 
448 aa  82.8  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  39 
 
 
467 aa  82.4  0.000000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  30.57 
 
 
526 aa  81.6  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  31.77 
 
 
205 aa  80.1  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1812  hypothetical protein  46.05 
 
 
224 aa  77  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  30.62 
 
 
494 aa  76.6  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  36.45 
 
 
433 aa  75.9  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  29.33 
 
 
479 aa  73.9  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  39.64 
 
 
469 aa  74.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2669  Fic family protein  45.95 
 
 
330 aa  74.3  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3241  filamentation induced by cAMP protein Fic  37.61 
 
 
175 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  40.35 
 
 
500 aa  74.3  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  32.48 
 
 
446 aa  72.4  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  41.49 
 
 
469 aa  71.2  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 
455 aa  71.2  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 
235 aa  69.7  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  41.49 
 
 
226 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  31.78 
 
 
509 aa  68.6  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  37.4 
 
 
383 aa  68.2  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 
456 aa  68.2  0.00000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  34.21 
 
 
433 aa  67.4  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  28.71 
 
 
314 aa  66.6  0.0000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  31.37 
 
 
311 aa  63.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  28.57 
 
 
453 aa  62.8  0.000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  36.27 
 
 
456 aa  62.8  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  38.98 
 
 
485 aa  62  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 
459 aa  60.8  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  35.51 
 
 
430 aa  60.1  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  29.09 
 
 
475 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  28.29 
 
 
462 aa  59.3  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 
479 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 
551 aa  57.8  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  32.71 
 
 
468 aa  56.6  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  35.19 
 
 
582 aa  56.2  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  29.79 
 
 
457 aa  56.6  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  49.02 
 
 
485 aa  55.8  0.0000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  37.36 
 
 
396 aa  55.5  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2011  putative transcriptional regulator  37.65 
 
 
204 aa  55.1  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2380  hypothetical protein  37.65 
 
 
204 aa  55.1  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  34.21 
 
 
456 aa  54.7  0.0000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 
571 aa  53.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 
606 aa  52.8  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 
386 aa  52.4  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 
358 aa  52  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  26.29 
 
 
620 aa  52  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2244  putative transcriptional regulator  48.89 
 
 
82 aa  52  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  34.26 
 
 
619 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  28.79 
 
 
483 aa  51.6  0.000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 
538 aa  51.6  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 
376 aa  50.8  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  29.13 
 
 
402 aa  50.8  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  31.62 
 
 
1492 aa  49.7  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  31.01 
 
 
423 aa  50.1  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  36.17 
 
 
403 aa  50.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  36.17 
 
 
403 aa  50.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  30.97 
 
 
462 aa  49.3  0.00003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  33.05 
 
 
641 aa  49.7  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  29.63 
 
 
455 aa  49.7  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  29.37 
 
 
276 aa  48.9  0.00004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 
545 aa  48.9  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0363  divergent AAA ATPase  39.24 
 
 
95 aa  48.9  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  28.66 
 
 
556 aa  48.5  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  37.37 
 
 
687 aa  48.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  37.97 
 
 
412 aa  48.1  0.00009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 
581 aa  48.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2494  hypothetical protein  38.03 
 
 
342 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  30.4 
 
 
572 aa  47.8  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  29.37 
 
 
423 aa  47  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  34 
 
 
634 aa  46.6  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1108  hypothetical protein  38 
 
 
122 aa  47  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.617491  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  25.23 
 
 
322 aa  46.6  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0436  hypothetical protein  64.52 
 
 
89 aa  47.4  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  31.87 
 
 
462 aa  47  0.0002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  29.94 
 
 
555 aa  46.6  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  25.67 
 
 
483 aa  45.4  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  29.13 
 
 
448 aa  45.1  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  35.11 
 
 
412 aa  44.3  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  40 
 
 
299 aa  44.3  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28800  hypothetical protein  36.84 
 
 
331 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287413  decreased coverage  0.000000000406133 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  27.36 
 
 
462 aa  44.7  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  30.1 
 
 
561 aa  44.3  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3526  putative transcriptional regulator  32 
 
 
459 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 
582 aa  44.3  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>