152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1467 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  69.36 
 
 		 522 aa  723    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  68.64 
 
 		 526 aa  721    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 508 aa  1052    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  53.29 
 
 		 502 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  48.98 
 
 		 500 aa  430  1e-119  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  42.11 
 
 		 481 aa  171  3e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  33.55 
 
 		 448 aa  158  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 477 aa  156  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  38.96 
 
 		 448 aa  150  5e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  34.63 
 
 		 433 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  30.47 
 
 		 471 aa  140  7e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 478 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  31.35 
 
 		 480 aa  138  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  32.96 
 
 		 455 aa  136  8e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  32.94 
 
 		 494 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  31.68 
 
 		 446 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  40.25 
 
 		 467 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  31.99 
 
 		 484 aa  127  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  36.71 
 
 		 198 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  34.32 
 
 		 457 aa  120  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  32.53 
 
 		 467 aa  119  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 383 aa  118  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  30.1 
 
 		 456 aa  117  6e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  28.69 
 
 		 519 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  35.32 
 
 		 469 aa  110  8.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  31.76 
 
 		 455 aa  108  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  28.53 
 
 		 479 aa  108  3e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  31.84 
 
 		 299 aa  105  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 385 aa  105  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 620 aa  103  6e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  30.47 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  27.15 
 
 		 485 aa  102  2e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 463 aa  101  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  29 
 
 		 456 aa  98.6  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  30.86 
 
 		 479 aa  98.6  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  30.49 
 
 		 468 aa  97.1  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 475 aa  96.3  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  29.13 
 
 		 403 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 		 412 aa  95.5  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  29.13 
 
 		 403 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 509 aa  93.6  8e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  29.67 
 
 		 376 aa  92.8  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  33.87 
 
 		 469 aa  93.2  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 459 aa  92.8  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  27.04 
 
 		 386 aa  91.3  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 634 aa  90.9  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 226 aa  90.5  6e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  30.32 
 
 		 235 aa  89.4  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 571 aa  89  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3241  filamentation induced by cAMP protein Fic  55.26 
 
 		 175 aa  88.2  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  30.41 
 
 		 382 aa  87.4  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  29.76 
 
 		 391 aa  87  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  33.17 
 
 		 205 aa  86.3  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1812  hypothetical protein  53.25 
 
 		 224 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  28.04 
 
 		 423 aa  85.5  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  28.81 
 
 		 606 aa  85.1  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 412 aa  84  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  30.24 
 
 		 687 aa  83.2  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  33.73 
 
 		 430 aa  82.8  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  28.45 
 
 		 423 aa  82.4  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  31.17 
 
 		 582 aa  81.6  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  27.72 
 
 		 454 aa  80.5  0.00000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  29.79 
 
 		 548 aa  79.7  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  32.6 
 
 		 641 aa  79  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 545 aa  78.2  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  29.83 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  27.13 
 
 		 1492 aa  77.4  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  26.37 
 
 		 473 aa  77.8  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 492 aa  77  0.0000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  28.29 
 
 		 462 aa  76.3  0.000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  28.15 
 
 		 462 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  25.52 
 
 		 453 aa  75.1  0.000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 		 422 aa  74.3  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  30.2 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3863  filamentation induced by cAMP protein Fic  48.1 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0343511 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 423 aa  73.2  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0416  filamentation induced by cAMP protein Fic  48.05 
 
 		 336 aa  73.2  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  24.65 
 
 		 475 aa  72  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  26.45 
 
 		 538 aa  72  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2669  Fic family protein  47.37 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  26.36 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  28.41 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  22.3 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 561 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  29.02 
 
 		 619 aa  70.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  26.04 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2011  putative transcriptional regulator  48.28 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2380  hypothetical protein  48.28 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  27.31 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.95 
 
 		 394 aa  69.3  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  27.5 
 
 		 394 aa  68.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4772  hypothetical protein  28.64 
 
 		 346 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  31 
 
 		 628 aa  68.2  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 499 aa  67  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  24.27 
 
 		 472 aa  67  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  27.59 
 
 		 322 aa  66.6  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  28.69 
 
 		 611 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>