49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3241 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3241  filamentation induced by cAMP protein Fic  100 
 
 		 175 aa  360  5.0000000000000005e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0416  filamentation induced by cAMP protein Fic  57.34 
 
 		 336 aa  166  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1812  hypothetical protein  60.77 
 
 		 224 aa  164  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3863  filamentation induced by cAMP protein Fic  59.7 
 
 		 334 aa  160  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0343511 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2669  Fic family protein  55.38 
 
 		 330 aa  148  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2494  hypothetical protein  43.51 
 
 		 342 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28800  hypothetical protein  48.87 
 
 		 331 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287413  decreased coverage  0.000000000406133 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  47.37 
 
 		 481 aa  100  1e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  60 
 
 		 477 aa  94  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  55.26 
 
 		 508 aa  88.2  6e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03140  hypothetical protein  57.14 
 
 		 331 aa  75.5  0.0000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.148194  hitchhiker  0.000000000000117198 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  37.61 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  52 
 
 		 467 aa  72  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  50 
 
 		 314 aa  71.2  0.000000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0363  divergent AAA ATPase  48.75 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1955  filamentation induced by cAMP protein Fic  47.37 
 
 		 333 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.484154  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3472  filamentation induced by cAMP protein Fic  47.37 
 
 		 333 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2380  hypothetical protein  44.94 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2011  putative transcriptional regulator  44.94 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 		 502 aa  65.5  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1856  Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 328 aa  65.1  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  41.25 
 
 		 480 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0182  Fic family protein  44.83 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2641  Fic family protein  38.36 
 
 		 328 aa  62.8  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000103829  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  44.59 
 
 		 484 aa  62.4  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  46.58 
 
 		 322 aa  62  0.000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  49.28 
 
 		 478 aa  60.1  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  42.68 
 
 		 475 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 480 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1108  hypothetical protein  42.65 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.617491  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  44.16 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1397  filamentation induced by cAMP protein Fic  44.44 
 
 		 316 aa  57.8  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.93843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  45.45 
 
 		 499 aa  54.7  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  35.37 
 
 		 479 aa  53.9  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 620 aa  51.6  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 485 aa  51.2  0.000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  40.32 
 
 		 471 aa  51.2  0.000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  51.22 
 
 		 235 aa  48.9  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1148  hypothetical protein  45.59 
 
 		 113 aa  48.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  54.76 
 
 		 483 aa  47  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1151  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 163 aa  45.8  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.796033  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0436  hypothetical protein  66.67 
 
 		 89 aa  45.4  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  38.36 
 
 		 519 aa  44.7  0.0007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 		 509 aa  44.3  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  66.67 
 
 		 522 aa  43.9  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  66.67 
 
 		 526 aa  43.9  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2244  putative transcriptional regulator  45.24 
 
 		 82 aa  42.7  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  36.08 
 
 		 620 aa  42  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  36.08 
 
 		 620 aa  42  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>