122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA3010 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  100 
 
 
423 aa  853    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  70.38 
 
 
423 aa  593  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  67.46 
 
 
422 aa  546  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  63.31 
 
 
423 aa  518  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 
403 aa  162  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  34.78 
 
 
403 aa  162  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  28.25 
 
 
385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
468 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 
396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  29.15 
 
 
382 aa  127  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 
386 aa  126  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  33.13 
 
 
459 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  33.04 
 
 
456 aa  121  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  29.18 
 
 
494 aa  117  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  29.76 
 
 
391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  32.43 
 
 
479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 
480 aa  113  7.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  25.77 
 
 
402 aa  113  8.000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 
480 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  27.6 
 
 
471 aa  108  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  30.42 
 
 
448 aa  108  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  26.57 
 
 
479 aa  106  7e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  30.75 
 
 
572 aa  106  9e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 
538 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  28.61 
 
 
485 aa  104  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 
448 aa  100  7e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 
433 aa  99  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  28.08 
 
 
582 aa  98.6  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0766  hypothetical protein  60.26 
 
 
85 aa  97.8  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  30.64 
 
 
456 aa  96.3  8e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  27.41 
 
 
457 aa  95.1  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  26.16 
 
 
412 aa  94.4  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  28.54 
 
 
492 aa  94  5e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
462 aa  93.2  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 
481 aa  92.4  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  27.4 
 
 
448 aa  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  22.19 
 
 
469 aa  92  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  29 
 
 
561 aa  90.9  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  27.93 
 
 
620 aa  90.9  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  22.51 
 
 
455 aa  89.7  9e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  24.92 
 
 
374 aa  88.6  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  26.22 
 
 
413 aa  88.6  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  29.08 
 
 
526 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 
522 aa  88.2  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  28.22 
 
 
454 aa  86.3  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 
508 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  25.08 
 
 
334 aa  84  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  23.8 
 
 
446 aa  83.2  0.000000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  27.16 
 
 
299 aa  82.8  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  24.66 
 
 
430 aa  81.6  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  26.06 
 
 
571 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 
484 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  24.24 
 
 
455 aa  80.5  0.00000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  27.11 
 
 
500 aa  80.5  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  26.96 
 
 
509 aa  80.1  0.00000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 
478 aa  79  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  25.83 
 
 
634 aa  79.7  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  23.3 
 
 
389 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  25.85 
 
 
545 aa  77.8  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 
376 aa  76.3  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 
463 aa  76.3  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  32.02 
 
 
478 aa  75.5  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  31.63 
 
 
478 aa  75.5  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 
551 aa  75.5  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.61 
 
 
394 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 
412 aa  74.3  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  25 
 
 
606 aa  73.9  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 
473 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  24.47 
 
 
687 aa  72.8  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 
502 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  24.36 
 
 
462 aa  72.4  0.00000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 
472 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  24.22 
 
 
483 aa  70.1  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 
467 aa  69.3  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  25.87 
 
 
556 aa  68.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  26.71 
 
 
402 aa  68.2  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 
467 aa  67.8  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 
477 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0631  ATPase central domain-containing protein  21.04 
 
 
377 aa  67  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0617  ATPase central domain-containing protein  21.04 
 
 
377 aa  66.2  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  27.96 
 
 
469 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  26.06 
 
 
488 aa  66.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2716  putative transcriptional regulator  24.14 
 
 
1123 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.000820476  normal  0.236594 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  22.58 
 
 
453 aa  64.7  0.000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 
412 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  22.42 
 
 
519 aa  63.9  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  26.01 
 
 
394 aa  63.2  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  27.47 
 
 
586 aa  62.4  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  23.7 
 
 
433 aa  62.8  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  23.65 
 
 
383 aa  62  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  23.2 
 
 
456 aa  62  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  26.59 
 
 
311 aa  60.1  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  28.57 
 
 
205 aa  57.8  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  23.44 
 
 
475 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  25 
 
 
276 aa  58.2  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  23.12 
 
 
462 aa  58.2  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  42.47 
 
 
581 aa  57.4  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  31.62 
 
 
663 aa  56.2  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  27.21 
 
 
226 aa  55.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 
582 aa  54.3  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>