118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1455 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  83.69 
 
 		 475 aa  789    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 462 aa  950    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  51.09 
 
 		 442 aa  362  1e-98  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  31.56 
 
 		 433 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  26.77 
 
 		 494 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 467 aa  126  8.000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  28.48 
 
 		 479 aa  124  4e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  24.54 
 
 		 471 aa  117  5e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  26.1 
 
 		 453 aa  117  5e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 620 aa  110  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 		 412 aa  98.2  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  27.55 
 
 		 485 aa  97.8  4e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  21.86 
 
 		 480 aa  96.3  9e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  25.66 
 
 		 403 aa  95.1  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  25.66 
 
 		 403 aa  95.1  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 478 aa  94.4  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  21.81 
 
 		 480 aa  93.2  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 311 aa  90.5  5e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  31.78 
 
 		 235 aa  88.6  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  24.78 
 
 		 455 aa  85.1  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  32.04 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 		 469 aa  81.3  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  27.19 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 499 aa  80.1  0.00000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  29.15 
 
 		 522 aa  80.1  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  25.05 
 
 		 663 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  23.9 
 
 		 462 aa  78.6  0.0000000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  28.63 
 
 		 526 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  26.24 
 
 		 481 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  31.1 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  31.31 
 
 		 502 aa  76.6  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  25.83 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 		 385 aa  76.6  0.0000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  31.05 
 
 		 519 aa  75.9  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  23.89 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  25.79 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 		 433 aa  72.8  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  24.66 
 
 		 457 aa  72  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 508 aa  70.9  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  24.48 
 
 		 475 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  23.33 
 
 		 477 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  24.45 
 
 		 484 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  22.14 
 
 		 462 aa  65.9  0.000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  23.48 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 		 467 aa  65.9  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  22.86 
 
 		 485 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  23.62 
 
 		 456 aa  65.1  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  23.22 
 
 		 454 aa  62.8  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  23.36 
 
 		 446 aa  62  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 		 468 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  23.37 
 
 		 504 aa  62  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  23.58 
 
 		 386 aa  61.6  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  24.06 
 
 		 483 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 		 448 aa  60.5  0.00000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  40.48 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  36.7 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  23.47 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  28.29 
 
 		 198 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  23.12 
 
 		 687 aa  59.3  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1151  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 163 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.796033  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  27.05 
 
 		 459 aa  59.3  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  23.53 
 
 		 634 aa  58.5  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  25.15 
 
 		 483 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  23.12 
 
 		 423 aa  58.2  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  27.6 
 
 		 509 aa  58.2  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  26.52 
 
 		 472 aa  57.8  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  23.51 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 469 aa  57.4  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  38.89 
 
 		 1492 aa  56.6  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  22.4 
 
 		 423 aa  56.6  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  24.48 
 
 		 606 aa  56.2  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  24.27 
 
 		 572 aa  56.6  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 		 448 aa  55.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  30.72 
 
 		 483 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  24.05 
 
 		 548 aa  55.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  28.68 
 
 		 413 aa  55.8  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  24.58 
 
 		 455 aa  54.7  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  26.82 
 
 		 488 aa  55.1  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  25.48 
 
 		 483 aa  54.7  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  23.8 
 
 		 456 aa  53.5  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  21.33 
 
 		 545 aa  52.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  24.35 
 
 		 448 aa  51.6  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 479 aa  51.6  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  23.96 
 
 		 463 aa  51.6  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4318  hypothetical protein  24.82 
 
 		 376 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598317  normal  0.713921 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  23.62 
 
 		 422 aa  49.3  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 586 aa  49.7  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 		 456 aa  49.7  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 571 aa  49.3  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 556 aa  48.5  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  24.34 
 
 		 622 aa  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0360  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 		 589 aa  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.280532 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 209 aa  48.5  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0641  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  47.8  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  22.1 
 
 		 383 aa  47.8  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  28.44 
 
 		 555 aa  47.4  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  28.37 
 
 		 470 aa  47  0.0007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1812  hypothetical protein  37.35 
 
 		 224 aa  46.6  0.0008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>