133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1124 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  79.64 
 
 		 394 aa  670    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 394 aa  810    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  42.75 
 
 		 402 aa  315  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 		 376 aa  257  3e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 396 aa  124  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  27.22 
 
 		 386 aa  123  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  27.75 
 
 		 663 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  28.03 
 
 		 433 aa  105  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 		 480 aa  104  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  29.3 
 
 		 448 aa  103  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 		 480 aa  103  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 		 485 aa  102  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  27.46 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 		 391 aa  99.8  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  26.42 
 
 		 457 aa  99  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  26.2 
 
 		 634 aa  97.4  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  24.42 
 
 		 471 aa  96.7  7e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  28.25 
 
 		 479 aa  94.7  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  29.71 
 
 		 402 aa  94.4  3e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  28.76 
 
 		 403 aa  94.7  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 		 455 aa  94.4  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  28.76 
 
 		 403 aa  94.7  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  26.61 
 
 		 494 aa  94.4  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  34.22 
 
 		 456 aa  92.4  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  28.01 
 
 		 448 aa  92.4  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 		 467 aa  91.7  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  28.35 
 
 		 468 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 		 456 aa  89.7  7e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  30.16 
 
 		 459 aa  89.7  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  24.88 
 
 		 455 aa  89  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  26.91 
 
 		 385 aa  88.2  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  26.29 
 
 		 620 aa  87.4  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  26.57 
 
 		 430 aa  87  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  27.63 
 
 		 687 aa  86.7  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  27.44 
 
 		 606 aa  86.7  7e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.49 
 
 		 478 aa  86.3  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  27.18 
 
 		 641 aa  85.9  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  27.92 
 
 		 500 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 571 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  28.51 
 
 		 619 aa  84  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  27.02 
 
 		 502 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  26.57 
 
 		 628 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  26.96 
 
 		 383 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 		 481 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 423 aa  80.9  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  28.33 
 
 		 423 aa  79.7  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  25.83 
 
 		 422 aa  79.7  0.00000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  26.77 
 
 		 526 aa  79.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 		 509 aa  79  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  26.77 
 
 		 522 aa  79  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  33.15 
 
 		 582 aa  78.6  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  25.99 
 
 		 469 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  26.08 
 
 		 462 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  27.22 
 
 		 561 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  26.61 
 
 		 423 aa  75.5  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  26 
 
 		 611 aa  74.3  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 473 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  29.33 
 
 		 492 aa  73.2  0.000000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  23.68 
 
 		 478 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 		 477 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  24.67 
 
 		 519 aa  70.1  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  25.74 
 
 		 448 aa  69.7  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  26.95 
 
 		 508 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3059  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 599 aa  68.6  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 454 aa  68.6  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  24.16 
 
 		 446 aa  68.2  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  30.72 
 
 		 299 aa  67  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  26 
 
 		 478 aa  67  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  24.36 
 
 		 548 aa  67  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  26.77 
 
 		 483 aa  66.6  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  25.75 
 
 		 467 aa  66.2  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  24.67 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 545 aa  63.9  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  23.41 
 
 		 538 aa  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  26.13 
 
 		 545 aa  63.2  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 		 463 aa  62.8  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  25.43 
 
 		 479 aa  62  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  23.39 
 
 		 475 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  25.21 
 
 		 572 aa  61.6  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5686  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 427 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0416  putative transcriptional regulator  22.67 
 
 		 560 aa  60.1  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.563354  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  23.27 
 
 		 485 aa  60.1  0.00000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  23.47 
 
 		 462 aa  60.1  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0004  putative transcriptional regulator  23.37 
 
 		 568 aa  59.7  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  23.38 
 
 		 555 aa  58.9  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 469 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 412 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  24.73 
 
 		 456 aa  58.2  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 		 556 aa  58.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  32.61 
 
 		 586 aa  57.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 551 aa  58.2  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2730  putative ATP-dependent DNA helicase  24.12 
 
 		 552 aa  57.4  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  31.16 
 
 		 462 aa  57.8  0.0000004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  25.73 
 
 		 472 aa  57  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  31.4 
 
 		 581 aa  56.2  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0094  putative transcriptional regulator  20.88 
 
 		 572 aa  55.8  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.130495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>